东船西舫悄无言

1. ATAC-seq和chip-seq不一样的地方： --no-mixed 不允许一个reads比对上，另一个比对不上。要么一对都比对上，要么都比对不上。 --no-discordant允许的插入片

1. 绝大部分染色质处于浓缩在一起的、封闭的状态，少数的2%、3%的区域处于开放状态。 2. 核小体占据、核小体定位 2.1 DNA缠绕在核小体上，核小体到底位于DNA的什么地方呢？ 答：假如有一个细

如果做的是broad peak应该注意的细节 在参数设计的时候要注意： 转录因子，全部是narrow peak; 如果是组蛋白就对着这一表格查阅： broad peak其实是一个一个的narrow p

1、测序数据量（这里是fastp报告） 整体上来说，测序的数据量一般是没有问题的，数据质量一般是没有问题的，Q30的值非常高，过滤前的数据和过滤后的数据相差不多，没过滤掉多少。说明整个数据的质量通常是

读取样本信息表 构建DBA对象 diffbind_obj$peaks里面包含了每个样本的详细的peaks信息。 diffbind_obj$binding里面打开是一张表格： 导入的时候是四个样本不同的

1.上一步得到的差异peaks（merge后）, be like: 2.peaks注释（merge后的）： 提取基因做富集分析，见tutorial book。

note: 现在主流的信息流程搭建软件：snakemake, nextflow；snakemake是基于python的，nextflow基于java，有个公司nf-core开发流程主要用nextflo

单样本：比如有一个脱落酸处理的样本，想研究ZAT6这个转录因子在脱落酸处理的样本中是一个什么情况，它有哪些结合位点，这些结合位点位于哪些基因的附近。 多样本：有时候样本可能是分组的，有一组样本是用脱落

peaks注释 1.寻找最近基因 如果是H3K4me3，则应该计算peak中心到TSS的距离。 如果是H3K36me3，则应该计算peak中心到gene center的距离。 如果是H3K4me1，则