13. 组蛋白修饰需要注意的细节

如果做的是broad peak应该注意的细节

• 在参数设计的时候要注意：

转录因子，全部是narrow peak; 如果是组蛋白就对着这一表格查阅：

• broad peak其实是一个一个的narrow peak组合在一起的。

流程中注意的地方：

• 在过滤peaks这一步，重复样本之间，将peak合并在一起，idr对narrow peak效果好，对broad peak效果不好，所以broad peak就用intersect这种方法。

• --broad参数

• 组蛋白不做motif特征分析 组蛋白是缠绕在核小体上的，没有motif特征。

• uropa注释

转录因子可能只需要对start进行定位，[3000, 500]或[2000, 500]来设置。

分析结果的差异

• broad peak没有第十列； broad peak文件和narrow peak文件几乎没有差异，只有最后一列有差异。

• broad peak由narrow peak连接起来的；

会产生另外一个文件：

用igv查看：

• cut&tag cut&tag相比于chip-seq而言，cut&tag信号非常强。 chip-seq背景噪音太强了，人眼无法判断有peak还是没有peak，只能让软件判断；cut&tag则可以人眼判断。