peaks注释
1.寻找最近基因
- 如果是H3K4me3，则应该计算peak中心到TSS的距离。
- 如果是H3K36me3，则应该计算peak中心到gene center的距离。
- 如果是H3K4me1，则应该计算peak中心到TSS, center, TES的距离都算上。
3.最远距离也是要分情况的：--distance
研究的时候可以写成[3000,0]
2. 确定相对位置关系
3. uropa参数
--relative-location
--relative-location Upstream Downstream OverlapStart OverlapEnd PeakInsideFeature FeatureInsidePeak
看下图genomic location：
如果距离
--distance在3k以内，upstream对应的要么是启动子区域，要么是近端的增强子。
如果设置--distance是300k，upstream很有可能是远端的增强子。
- uropa跑完之后，生成的结果：
- 将txt文件下载到本地电脑，用excel打开：
- allhits.txt文件中，有重叠：
意思就是这个peak注释到了很多个基因上下游。
为什么有这么多注释呢？
因为我们设置了一个很大的区间：
它会把上游100k，下游100k所有的基因都注释出来。
虽然注释了这么多，但在finalhits.txt里，它会找到一个最好的保留下来。
所以如果你要找远端增强子，将--distance设置成上下游各1M是没有问题的。
画饼图
- R语言导入
finalhits.txt文件之后，用chatGPT4帮你画饼图； - 学会使用chatGPT4 √
- 学习熟练使用ggplot2 √
4.使用library(ggsci)
或者pdf导出来用AI修改 5.学习使用PS，AI √
