11. 使用Diffbind做差异分析

1. 读取样本信息表

2. 构建DBA对象

diffbind_obj$peaks里面包含了每个样本的详细的peaks信息。 diffbind_obj$binding里面打开是一张表格：

导入的时候是四个样本不同的peak，而在diffbind_obj$binding的peak是merge后的，用类似bedtools merge 这样的工具进行merge。而值是指在这个样本中，之前的peak与merge后的peak重叠度是百分之25之类的。

3. count 在计数时，取了相同长度的峰。summits=200指从峰顶点往左右两边各延伸200。 选择DBA_SCORE_RPKM。

Diffbind不能用于无生物学重复的分析

• 若无生物学重复，可用：

再加一个离散度的参数。

这个参数dispersion很难选，可以先用0.1试一下，然后再上下调。

这里的数值才是真正的count值，在diffbind_obj$binding里。

• 这个画出来的相关性和之前deeptools画的相关性图一样吗？ 答：不一样。