东船西舫悄无言

1. ATAC-seq和chip-seq不一样的地方： --no-mixed 不允许一个reads比对上，另一个比对不上。要么一对都比对上，要么都比对不上。 --no-di...

1. 绝大部分染色质处于浓缩在一起的、封闭的状态，少数的2%、3%的区域处于开放状态。 2. 核小体占据、核小体定位 2.1 DNA缠绕在核小体上，核小体到底位于DNA的什...

如果做的是broad peak应该注意的细节 在参数设计的时候要注意： 转录因子，全部是narrow peak; 如果是组蛋白就对着这一表格查阅： broad peak其实...

1、测序数据量（这里是fastp报告） 整体上来说，测序的数据量一般是没有问题的，数据质量一般是没有问题的，Q30的值非常高，过滤前的数据和过滤后的数据相差不多，没过滤掉多...

读取样本信息表 构建DBA对象 diffbind_obj$peaks里面包含了每个样本的详细的peaks信息。 diffbind_obj$binding里面打开是一张表格：...

1.上一步得到的差异peaks（merge后）, be like: 2.peaks注释（merge后的）： 提取基因做富集分析，见tutorial book。...

note: 现在主流的信息流程搭建软件：snakemake, nextflow；snakemake是基于python的，nextflow基于java，有个公司nf-core...

单样本：比如有一个脱落酸处理的样本，想研究ZAT6这个转录因子在脱落酸处理的样本中是一个什么情况，它有哪些结合位点，这些结合位点位于哪些基因的附近。 多样本：有时候样本可能...

peaks注释 1.寻找最近基因 如果是H3K4me3，则应该计算peak中心到TSS的距离。 如果是H3K36me3，则应该计算peak中心到gene center的距离...

选择UROPA的原因 目前所有主流软件都有一个问题，都当作转录因子结合在promoter区域来解决问题。 算距离的时候，所有软件分成2个步骤，首先看peak离哪个基因最近，...

前言：在基因组找到了转录因子/组蛋白结合位点之后，最终还是要落脚到功能基因上，组蛋白结合到这有什么用？调控了谁？---这就叫peak的注释，或者叫做转录因子/蛋白结合位点的...

1. 研究的意义 如果这个TF没有人研究，你找出了它的motif，这个意义较大； 一般这个TF已经研究过了，你找的motif大概率和数据库一样。 在数据库查询转录因子TF？...

1. motif注释 motif注释一般是对转录因子进行注释，一般不对组蛋白进行motif注释。 序列的特征图： 每个位置有个序列的权重。 两种方法 2. 操作 如果是br...

1. 对peak进行过滤和筛选 1.1 cutoff analysis：无生物学重复 假如没有生物学重复，一个样本只测了1次，那么就是用qvalue进行筛选。 得到： 根据...

1.在bigwig的基础上，查看peak calling。 2. 导入narrow peak文件，bed可以直接用igv打开 养成每一步都用igv查看一下的习惯。检查下结果...

导入bw文件 1.设置track高度 2. 设置范围 其他的，比如：genome.fa, gtf和上面讲的用igv查看bam一样。...

准备数据 genome.fa gtf bam文件 bam.bai 导入基因组 导入gtf 导入bam，bam必须与bam.bai放在一起...

1.Peak检测:估计d值并进行shift 怎样得到两个peak间的距离d，即插入片段是多长？ 答：双端：如果有10M的reads数，则求它们reads对的平均长度； 单端...

1.更改颜色 然后保存为：svg格式。Save SVG image bam转成bigwig文件格式，其实是将分辨率为1bp的bam文件划分窗口。 2.reference-p...

查看文件夹大小： 脑图 1. 数据准备 参考基因组: genome.fa 将参考基因组的格式改为">chr1"，而不是单纯的数字。 gtf注释文件: genes.gtf 提...