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Sentieon
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创建于2023-08-21
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Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing(长读长测序)-第七期
长读测序系列文章-1 标题(英文): PrecisionFDA Truth Challenge V2: Calling variants from short and long reads in di
使用Sentieon加速甲基化WGBS数据分析
全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法,以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时,通常需要使用专门的比对工具,因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。
靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析,只看这篇就够了!
背景 RNA-seq,即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA,small RNA,non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而
Hap-eval:Sentieon开源的多测序平台SV精度评估工具
开发背景 Sentieon专业软件开发团队除了专注于高效基因组数据分析工具的研发,还与专业合作伙伴一起积极的参与到大型的临床科研项目中,其中就包括了美国国立卫生研究院NIH赞助的Gabriella M
基因组大数据计算: CPU和GPU加速方案深度评测
随着NGS测序通量的大幅提高,搭配高效NGS二级分析技术的精准解决方案快速融进基因组学的各个应用领域:遗传进化、临床诊断、分子育种、医药开发等。以下我们通过对基于CPU和GPU不同硬件平台的NGS二级
Sentieon DNAscope:适配多测序平台数据的快速精准分析流程
DNAscope模块,是Sentieon软件一个准确高效的胚系变异检测模块。其在GATK基础上优化了核心算法,在继承GATK成熟且完整的BAM预处理流程的同时,引入机器学习基因分型模型。相比于GATK
DNAscope白皮书: 基于机器学习的高精度胚系变异检测流程
DNAscope模块,是Sentieon软件的一个精准高效的胚系变异检测模块。其在GATK基础上优化了核心算法,在继承GATK成熟且完整的BAM预处理流程的同时,引入机器学习基因分型模型。相比于GAT
生命数字化时代来临:全基因组计算成本不到1美元
基因组序列分析是生命科学和医疗保健行业领域的重要组成部分,是众多技术突破的关键。随着生命数字化时代的来临,为了解决大数据带来的速度与费用问题,在云计算平台进行流程的分析及计算是目前较流行的方案。然而大
License二次验证机制:管理公共集群上的Sentieon授权资源
Sentieon软件License采用联网授权的方式,以下为Sentieon License具体的工作方式如下: 提供绑定本地License服务器的内网IP和Port(用户指定)的Sentieon L
PrecisionFDA:多组学样本错标校正挑战赛
多组学联合分析是指对来自不同组学,如基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等的数据进行统一处理、比较分析,用以探究生物学问题。由于生物过程具有复杂性和整体性,多种物质共同影响生命系统的表型和性状,例如
Sentieon数据质控QC模块介绍
Sentieon持续为业界提供高性能的NGS数据分析软件。在数据处理模块之外,Sentieon软件套装中还包含了多个用于BAM和VCF文件的质控模块。相比于常规的GATK/Picard工具,Senti
Sentieon软件应用之公共卫生机构
Sentieon致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈,通过算法的深度优化和企业级的软件工程,大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。自2015年的初始版本开始,Sentieon推出了
Sentieon发布RNAseq加速分析方案
RNAseq,即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术,作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今,RNAseq在转录本变异检测,基因融合检测,可变剪切检测等场景
提升UMI分析精度和计算效率:Sentieon UMI分子标记处理模块
单分子标签技术(Unique Molecular Identifier, UMI)被广泛应用在极高灵敏度的NGS检测中,尤其是目前炙手可热的循环肿瘤DNA (ctDNA) 检测。ctDNA作为一种非侵
Alamut Visual Plus 临床基因变异可视化解读软件
Alamut Visual Plus 综合性临床基因变异可视化解读软件 Alamut Visual Plus是一款综合性临床基因变异可视化解读软件,在NGS分析中用于基因组变异解读,帮助基因诊断研究人
Alamut Visual-综合性基因浏览器
Alamut-基因变异处理软件方案 在NGS分析过程中,前期GATK/BWA、Sentieon等基因变异检测软件获取变异文件后,需要标记每个变异的临床影像,再结合表型探索并寻找致病变异,最终出具相关报
Alamut Batch-变异注释软件
Alamut-基因变异处理软件方案 在NGS分析过程中,前期GATK/BWA、Sentieon等基因变异检测软件获取变异文件后,需要标记每个变异的临床影像,再结合表型探索并寻找致病变异,最终出具相关报
Sentieon | 每周文献-Gene Editing(基因编辑)-第六期
标题(英文) :CRISPR-Mediated Generation and Characterization of a Gaa Homozygous c.1935C>A (p.D645E) Pomp
Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析
本文描述了使用Sentieon® DNAscope进行PacBio® HiFi数据胚系突变检测。PacBio® HiFi技术产⽣质量值超过Q20的高质量长读段,平均长度在10-25kb之间。准确的长读
Sentieon | 每周文献-Epidemiology(流行病学)-第五期
标题(英文) :Rare Variants in Inborn Errors of Immunity Genes Associated With Covid-19 Severity 标题(中文) :与
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