宏基因组分析

一什么是metawrap 二、metawrap模块概述 1 宏基因组数据预处理模块 2 Bin处理模块 3 metawrap分析流程结构 三、metawrap使用指南 1 metawrap质量控制re

一、CheckM数据库 1 CheckM数据库介绍 2 下载安装checkM数据库 二、Kraken2数据库 三、NCBI_nt和NCBI_tax数据库 1 NCBI_nt 2 NCBI_tax 四、

一、CheckM介绍 1 CheckM是什么 2 安装CheckM 3 安装CheckM数据库 4 检查checkm安装 二、CheckM标准工作流 三、命令行概述 四、工作流 1 lineage_w

一、数据预处理 1、准备工作 1.1 查看工作目录 1.2 检查元数据文件格式 1.3 元数据细节优化 1.4 下载序列数据 1.5、查看当前目录结构，检查数据下载结果 1.6、查看序列数据信息###

一、安装sra-tools 二、下载数据测试 三、Prefetch帮助信息 四、Fastq-dump帮助信息 五、Fastqer-dump帮助信息 六、SRA-Tools的工具 七、vdb-dump帮

一、GTDB-Tk安装 1.1 GTDB-Tk简介 1.2 GTDB-Tk安装 1.3 环境检查 1.4 下载对应数据库 1.5 安装数据库 1.6 gtdb数据库概览 fastani markers

一、安装R 二、安装Rstudio-server 三、启动Rstudio-server 四、测试Rstudio-server

一、Metawrap Metawrap：https://github.com/bxlab/metaWRAP#metagenomic-bin-recovery-improvements 1.简介 2.元

一、Megahit-组装读取 1.简介 2.安装 3.安装验证 4.工具说明 二、蛋白同源综合注释eggNOG 1.简介 2.安装eggNOG 3.安装测试 4.eggNOG数据库安装 三、碳水化合物

一、LEfSe 1.简介 2.下载安装LEfSe 二、Kraken2 1.简介 2.安装 3.数据库安装

一、HUMAnN3是什么 1.简介 2.HUMAnN3功能 二、安装HUMAnN3 1.安装HUMAnN3 2.安装验证 三、HUMAnN3物种和功能数据库 查看可用数据库 下载安装 四、设置数据库位

一、Kneaddata介绍 二、安装KneadData 三、安装验证 四、包含工具说明 五、KneadData数据库下载

一、下载SRA Toolkits 二、环境配置 三、工具包配置 四、云凭证：AWS和GCP 获取亚马逊云凭证 获取谷歌云凭证 五、连接超时 六、Prefetch和fastq-dump Prefetch