一介白云

# 拟时序分析就是差异分析的细节剖析 # 单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操 1. 流程 Monocle主要可以进行以下三种分析： 细胞的聚类、分类和计数。 Single-cell

数据准备——主要是找到目标细胞群的差异基因，分别为up和down 实操数据准备——主要是找到目标细胞群的差异基因，分别为up和down 实操数据准备——主要是找到目标细胞群的差异基因，分别为up和do

流程 手动建立CellChat受配体数据库（1a）： CellChatDB考虑了已知的配体受体复合物的组成，包括配体和受体的多聚复合物，以及几种辅助因子类型:可溶性激动剂、拮抗剂、共刺激和共抑制膜结合

``` table(T_cells$celltype5) av <-AverageExpression(T_cells, group.by = "celltype5", assays = "RNA")

``` pbmc.data <- Read10X(data.dir="D:\\R program\\shell\\enrich\\enrich\\filtered_gene_bc_matrices\\

``` library(DOSE) library(GOSemSim) library(clusterProfiler) library(org.Mm.eg.db) # library(org.Mm.

``` library(clusterProfiler) library(org.Mm.eg.db) fibro.markers <- FindAllMarkers(fibro, only.pos =

``` install.packages("remotes") remotes::install_github("lyc-1995/MySeuratWrappers") library(MySeura

转自# R语言图片之间的保存和导出 1.图片保存 图片保存的几种方法： 1.1 基础包作图的保存 不需要加载任何R包 通用：三段论 （1）图片保存的格式及文件名： pdf("test.pdf")、pn