ERUS-10K 数据集:收集并注释首个覆盖多种内窥镜超声场景的基准数据集,构建首个针对视频中结直肠癌自动分割的模型。

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2024/08/19 ,由香港中文大学(深圳)、深圳未来网络智能研究所 等多家机构联合创建ERUS-10K 数据集,包含77个直肠内超声视频,其中包含10,000个高质量注释帧,涉及内窥镜超声 结直肠癌的分割、检测和侵袭深度评估等多场景。

结直肠癌(CRC)已成为全球癌症死亡的第二大原因,早期的发现对于制定治疗的方案和提高生存率至关重要。

直肠内超声(ERUS)被用作诊断和分期结直肠癌的常规成像方式。

一、目前遇到的挑战

1、缺乏大规模直肠内超声数据集来训练良好收敛的分割模型

2、不同超声传感器所获得的内在扫描模式差异

3、由于超声探头快速移动导致的运动模糊

ERUS-10K 数据集:第一个大规模ERUS视频结直肠癌分割数据集,设计了第一个结直肠癌分割模型,Adaptive Sparse-context TRansformer(ASTR)。

数据集地址: ERUS-10K|医学影像分析数据集|计算机辅助诊断数据集

二、让我们来看一下这个数据集:

ERUS-10K 包含77个视频和10,000帧高分辨率标注图像。

基于该数据集,我们进一步提出了一种用于结直肠癌分割的基准模型,称为自适应稀疏上下文变换器(ASTR)。ASTR的设计基于三个考虑因素:扫描模式差异、时间信息和低计算复杂度。

为了适应不同的扫描模式,提出了自适应扫描模式增强技术,以在原始扇区图像和线性扫描图像之间进行转换。为了挖掘时间信息,结合了稀疏上下文变换器,以整合帧间的局部和全局特征。为了降低计算复杂度,引入了稀疏上下文块,从辅助帧中提取上下文特征。最后,在基准数据集上,所提出的ASTR模型在直肠癌分割中达到了77.6%的Dice系数.

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三、数据集的应用:

比如,我是一名医院里放射科的医生,我每天上班,就是对这一堆堆结直肠的超声影像,一帧一帧地看,眼睛看的酸胀。找肿瘤,定边界,评估大小,判断是那个阶段了,全靠这几年上班的经验和眼力,加班是常态,累的跟狗似的。

现在医院采购了一套通过ERUS-10K数据集和ASTR模型的系统, 我拿到病例,导入视频,系统就自动开始分析,它会标注肿瘤的位置,还附带了详细的信息。我只要再复查一下,没有问题,就可以出报告了。然后可以花更多的时间跟同事们讨论一些复杂的病例,可以更好的帮助病人。

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