5. Motif分析

1. motif注释

motif注释一般是对转录因子进行注释，一般不对组蛋白进行motif注释。

• 序列的特征图： 每个位置有个序列的权重。

• 两种方法

2. 操作

• 如果是broad peaks

1. 从peaks文件，提取前1000个，前6行生成bed文件。

# less -SN narrow.peak | sort -k8,8nr | head -n 1000 | awk '{print $1"\t"$2"\t"$3}' # bed3

# less -SN narrow.peak | sort -k8,8nr | head -n 1000 | awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3}' > head1000_peaksbed  # bed3

less -SN narrow.peak | sort -k8,8nr | head -n 1000 | awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$4,$5,$6}' > head1000_peaks.bed6  # bed6

2. 从bed文件提取相关序列

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed head1000_peaks.bed6 > head1000_peaks.fa

• 如果是narrow peak

1. 第二三列改成峰尖前后100bp

less -SN narrow.peak | sort -k8,8nr | head -n 1000 | awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2+$10-100,$2+$10+100,$4,$5,$6}' > head1000_peaks.bed6  # bed6

2. 从bed文件提取相关序列（不变）

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed head1000_peaks.bed6 > head1000_summit.fa

3. 软件

4. 结果

5. 保存

• Google搜索eps online，有很多在线打开eps的工具

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