1.更改颜色
然后保存为：svg格式。Save SVG image
bam转成bigwig文件格式，其实是将分辨率为1bp的bam文件划分窗口。
2.reference-point图
需要：ref/genes_longest.bed6和ref/genes_shuffle.bed6
*******小错误：如果基因位于负链，则基因起始位置在后面一列
# 生成genes_longest.bed6
awk '$3=="gene"' genes_longest.gtf | le
awk '$3=="gene"{print$1"\t"$4"\t"$5}' genes_longest.gtf | le
awk '$3=="gene"{print$1"\t"$4"\t"$5}' genes_longest.gtf > genes.bed3
awk '$3=="gene"{print$1"\t"$4"\t"$5"\t"$10"\t.\t"$7}' genes_longest.gtf | sed 's/"//g' | sed 's/;//' > genes.bed6
# 生成genes_shuffle.bed6
bedtools shuffle -i genes.bed6 -g genome.fa.fai > genes_shuffle.bed6
# 一般取3000个基因即可
bedtools shuffle -i genes.bed6 -g genome.fa.fai | head -n 3000 > genes_3000_shuffle.bed6
对照一下shuffle前后的位置
grep "ENSDARG00000009657" genes_shuffle.bed6
grep "ENSDARG00000009657" genes.bed6
*******小错误：如果基因位于负链，则基因起始位置在后面一列
更正：提取的时候要反过来。
画图代码参见：tutorial
3.scale-regions图
4. plotCorrelation样本间相关性的图
- 原理解释：
假如有一个基因组，分成了很多窗口，那么每一个样本都有一组值。这就可以计算相关系数。
