SciPy-1-12-中文文档-七十九-

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SciPy 1.12 中文文档(七十九)

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/index.html

SciPy 0.15.1 发布说明

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.15.1-notes.html

SciPy 0.15.1 是一个纯粹的 Bug 修复版本,与 0.15.0 相比没有新功能。

修复的问题

  • #4413: BUG: 测试太严格,f2py 不必覆盖此数组

  • #4417: BLD: 避免使用 NPY_API_VERSION 检查不使用已弃用的…

  • #4418: 恢复并弃用 scipy.linalg.calc_work

SciPy 0.15.0 发布说明

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.15.0-notes.html

目录

  • SciPy 0.15.0 发布说明

    • 新功能

      • 线性规划接口

      • 全局优化器差分进化

      • scipy.signal 改进

      • scipy.integrate improvements

      • scipy.linalg improvements

      • scipy.sparse 改进

      • scipy.special 改进

      • scipy.sparse.csgraph 改进

      • scipy.stats 改进

    • 已废弃功能

    • 不兼容变更

      • scipy.ndimage

      • scipy.integrate

    • 作者

      • 已关闭的问题

      • 拉取请求

SciPy 0.15.0 是六个月辛勤工作的结晶。它包含了几个新功能,大量的错误修复,改进的测试覆盖率和更好的文档。在这个版本中还有一些废弃和 API 变更,下面有详细记录。建议所有用户升级到此版本,因为有大量的错误修复和优化。此外,我们的开发重点现在将转移到 0.16.x 分支的错误修复版本,并在主分支上添加新功能。

本版本要求 Python 2.6、2.7 或 3.2-3.4 和 NumPy 1.5.1 或更高版本。

新功能

线性规划接口

新函数scipy.optimize.linprog提供了一种类似于scipy.optimize.minimize的通用线性规划接口。目前只支持simplex方法,这提供了一种基于两阶段、密集矩阵的单纯形算法。支持回调函数,允许用户监控算法的进展。

全局优化器差分进化

optimize模块中新增了scipy.optimize.differential_evolution函数。差分进化是一种用于寻找多变量函数全局最小值的算法。它具有随机性质(不使用梯度方法),可以搜索大量的候选空间,但通常需要比传统的基于梯度的技术更多的函数评估。

scipy.signal 的改进

添加了一个计算最大长度序列(MLS)信号的函数 scipy.signal.max_len_seq

scipy.integrate 的改进

现在可以使用 scipy.integrate 程序集成多变量 ctypes 函数,从而避免回调到 Python 并提供更好的性能。

scipy.linalg 的改进

用于解决 Procrustes 线性代数问题的函数 scipy.linalg.orthogonal_procrustes 已添加。

BLAS 第 2 级函数 her, syr, her2syr2 现在包装在 scipy.linalg 中。

scipy.sparse 的改进

scipy.sparse.linalg.svds 现在可以接受 LinearOperator 作为其主要输入。

scipy.special 的改进

现在可以使用 ellip_harm, ellip_harm_2ellip_normal 计算椭球谐函数及其相关归一化常数的值。

新增便捷函数 entr, rel_entr, kl_div, huberpseudo_huber

scipy.sparse.csgraph 的改进

reverse_cuthill_mckeemaximum_bipartite_matching 函数用于计算稀疏图的重新排序功能已添加。

scipy.stats 的改进

添加了狄利克雷多变量分布,scipy.stats.dirichlet

新函数 scipy.stats.median_test 计算 Mood 中位数检验。

新函数 scipy.stats.combine_pvalues 实现了 Fisher 和 Stouffer 方法来合并 p 值。

scipy.stats.describe 现在返回一个命名元组而不是一个元组,允许用户通过索引或名称访问结果。

弃用功能

scipy.weave 模块已弃用。它是唯一未迁移到 Python 3.x 的模块,不建议用于新代码 - 建议使用 Cython 替代。为了支持现有代码,scipy.weave 已被单独打包:github.com/scipy/weave。这是一个纯 Python 包,可以通过 pip install weave 轻松安装。

scipy.special.bessel_diff_formula 已弃用。这是一个私有函数,因此将在后续版本中从公共 API 中移除。

scipy.stats.nanmean, nanmediannanstd 函数已弃用,建议使用它们的 numpy 等价函数。

Backwards incompatible changes

scipy.ndimage

The functions scipy.ndimage.minimum_positions, *scipy.ndimage.maximum_positions* and scipy.ndimage.extrema` return positions as ints instead of floats.

scipy.integrate

The format of banded Jacobians in scipy.integrate.ode solvers is changed. Note that the previous documentation of this feature was erroneous.

Authors

  • Abject +

  • Ankit Agrawal +

  • Sylvain Bellemare +

  • Matthew Brett

  • Christian Brodbeck

  • Christian Brueffer

  • Lars Buitinck

  • Evgeni Burovski

  • Pierre de Buyl +

  • Greg Caporaso +

  • CJ Carey

  • Jacob Carey +

  • Thomas A Caswell

  • Helder Cesar +

  • Björn Dahlgren +

  • Kevin Davies +

  • Yotam Doron +

  • Marcos Duarte +

  • endolith

  • Jesse Engel +

  • Rob Falck +

  • Corey Farwell +

  • Jaime Fernandez del Rio +

  • Clark Fitzgerald +

  • Tom Flannaghan +

  • Chad Fulton +

  • Jochen Garcke +

  • François Garillot +

  • André Gaul

  • Christoph Gohlke

  • Ralf Gommers

  • Alex Griffing

  • Blake Griffith

  • Olivier Grisel

  • Charles Harris

  • Trent Hauck +

  • Ian Henriksen +

  • Jinhyok Heo +

  • Matt Hickford +

  • Andreas Hilboll

  • Danilo Horta +

  • David Menéndez Hurtado +

  • Gert-Ludwig Ingold

  • Thouis (Ray) Jones

  • Chris Kerr +

  • Carl Kleffner +

  • Andreas Kloeckner

  • Thomas Kluyver +

  • Adrian Kretz +

  • Johannes Kulick +

  • Eric Larson

  • Brianna Laugher +

  • Denis Laxalde

  • Antony Lee +

  • Gregory R. Lee +

  • Brandon Liu

  • Alex Loew +

  • Loïc Estève +

  • Jaakko Luttinen +

  • Benny Malengier

  • Tobias Megies +

  • Sturla Molden

  • Eric Moore

  • Brett R. Murphy +

  • Paul Nation +

  • Andrew Nelson

  • Brian Newsom +

  • Joel Nothman

  • Sergio Oller +

  • Janani Padmanabhan +

  • Tiago M.D. Pereira +

  • Nicolas Del Piano +

  • Manuel Reinhardt +

  • Thomas Robitaille

  • Mike Romberg +

  • Alex Rothberg +

  • Sebastian Pölsterl +

  • Maximilian Singh +

  • Brigitta Sipocz +

  • Alex Stewart +

  • Julian Taylor

  • Collin Tokheim +

  • James Tomlinson +

  • Benjamin Trendelkamp-Schroer +

  • Richard Tsai

  • Alexey Umnov +

  • Jacob Vanderplas

  • Joris Vankerschaver

  • Bastian Venthur +

  • Pauli Virtanen

  • Stefan van der Walt

  • Yuxiang Wang +

  • James T. Webber

  • Warren Weckesser

  • Axl West +

  • Nathan Woods

  • Benda Xu +

  • Víctor Zabalza +

  • Tiziano Zito +

A total of 99 people contributed to this release. People with a “+” by their names contributed a patch for the first time. This list of names is automatically generated, and may not be fully complete.

Issues closed

  • #1431: ellipk(x) extending its domain for x<0 (Trac #904)

  • #1727: consistency of std interface (Trac #1200)

  • #1851: Shape parameter negated in genextreme (relative to R, MATLAB,…

  • #1889: interp2d is weird (Trac #1364)

  • #2188: splev gives wrong values or crashes outside of support when der…

  • #2343: scipy.insterpolate 的 splrep 函数在某些组合中失败

  • #2669: .signal.ltisys.ss2tf 只应用于当前的 MISO 系统…

  • #2911: 在 Fedora 上,interpolate.splder() 失败

  • #3171: weave 在 scipy 中的未来

  • #3176: 建议改进 scipy.integrate.odeint 中的错误消息

  • #3198: scipy.stats.gaussian_kde 的 pdf() 和 logpdf() 方法

  • #3318: Travis CI 在 test("full") 上断裂

  • #3329: scipy.stats.scoreatpercentile 的不兼容变更…

  • #3362: scipy.sparse.linalg.eigs 中的引用循环,使用 shift-invert…

  • #3364: BUG:linalg.hessenberg 错误(错误的结果)

  • #3376: stats f_oneway 需要使用浮点数

  • #3379: 通过 zc.buildout 安装 scipy 0.13.3 失败

  • #3403: hierarchy.linkage 对压缩的 2x2 数据引发异常

  • #3422: optimize.curve_fit() 处理 NaN 时返回所有参数…

  • #3457: linalg.fractional_matrix_power 没有文档字符串

  • #3469: DOC:ndimage.find_object 忽略零值

  • #3491: optimize.leastsq() 文档应说明它不适用…

  • #3499: cluster.vq.whiten 对观察中的所有零列返回 NaN

  • #3503: 在 numpy 数组时,minimize 尝试进行向量加法…

  • #3508: exponweib.logpdf 对有效参数失败

  • #3509: libatlas3-base-dev 不存在

  • #3550: BUG:special.ellipkinc 计算出异常值

  • #3555: scipy.ndimage 的位置是浮点数而不是整数

  • #3557: UnivariateSpline.call 应通过所有相关参数传递…

  • #3569: 没有明确的许可声明,用于从 boost 导入的测试数据?

  • #3576: mstats 测试失败(过于敏感?)

  • #3579: 在使用 MKL 和 Ubuntu 14.04 x86_64 时,scipy 0.14.x 分支出现错误

  • #3580: 稀疏矩阵的运算符重载

  • #3587: 连续统计分布中的错误字母顺序…

  • #3596: scipy.signal.fftconvolve 不再线程安全

  • #3623: BUG: signal.convolve 执行时间比必要的长

  • #3655: scipy.signal.periodogram 中从整数数据返回整数

  • #3662: 在 Numpy 1.5.1 上的 Travis 失败(无法重现?)

  • #3668: dendogram(orientation=’foo’)

  • #3669: KroghInterpolator 不能通过点

  • #3672: 在样条中插入结点

  • #3682: scipy.optimize.curve_fit 的误导性文档

  • #3699: BUG?: scipy.signal.lfilter 在初始化条件下存在小问题

  • #3700: scipy.io.loadmat 引发的异常不一致

  • #3703: RegularGridInterpolator 使用大端数据时出现 TypeError

  • #3714: eigsh 中误导性的错误消息: k 必须在 1 到 rank(A)-1 之间

  • #3720: coo_matrix.setdiag() 失败

  • #3740: Scipy.Spatial.KdTree (Query) 返回类型?

  • #3761: scipy.special.btdtri 的无效结果

  • #3784: DOC - Special Functions - 修复 Drum 示例以支持更高的模式

  • #3785: minimize() 应具有更友好的 args=

  • #3787: BUG: signal: lombscargle 中的除零

  • #3800: BUG: scipy.sparse.csgraph.shortest_path 覆盖输入矩阵

  • #3817: 计算二项分布时计算矩的警告…

  • #3821: 检查 scipy 使用 np.ma.is_masked 的 bug

  • #3829: 线性代数函数文档未提及默认…

  • #3830: scipy.linalg.eig 文档字符串中的一个错误

  • #3844: genextreme 返回的形状参数问题

  • #3858: 在安装时出现“ImportError: No module named Cython.Compiler.Main”

  • #3876: savgol_filter 未在发布说明中列出且未添加版本信息

  • #3884: scipy.stats.kendalltau 空数组错误

  • #3895: ValueError: 内部 gesdd 函数的第 12 个参数值非法…

  • #3898: skimage 测试由于 minmax filter 更改而中断

  • #3901: scipy sparse 在 numpy 主分支上出现错误

  • #3905: DOC: optimize: linprog 文档字符串有两个 “Returns” 部分

  • #3915: DOC: sphinx 警告因 stats 分布中的 **kwds 而产生…

  • #3935: 将 stats.distributions 文件拆分为教程

  • #3969: gh-3607 在 ode 求解器带状雅可比矩阵中破坏了向后兼容性

  • #4025: DOC: signal: find_peaks_cwt 的返回值未记录。

  • #4029: scipy.stats.nbinom.logpmf(0,1,1) 返回 nan。正确值为…

  • #4032: ERROR: test_imresize (test_pilutil.TestPILUtil)

  • #4038: 错误未能正确传播通过 scipy.integrate.odeint

  • #4171: orthogonal_procrustes 总是返回 scale。

  • #4176: 解离散 Lyapunov 方程与矩阵无法正常工作…

Pull requests

  • #3109: ENH: 添加 Fisher 方法和 Stouffer Z 分数方法

  • #3225: 将极值分布添加到广义 Pareto 分布中…

  • #3262: 实现更快的多变量积分后端

  • #3266: ENH: signal: 为 periodogram 添加 type=False 参数…

  • #3273: 在 Travis-CI 中添加 PEP8 检查

  • #3342: ENH: 添加线性规划的 linprog 函数

  • #3348: BUG: 在使用 interp2d 时添加适当的错误处理…

  • #3351: ENH: 添加最小二乘法(MLS)方法

  • #3382: ENH: scipy.special 信息论函数

  • #3396: ENH: 通过假设稀有情况,进一步改进 stats.nanmedian

  • #3398: 添加了两个 gaussian_kde 类的包装器

  • #3405: BUG: cluster.linkage 数组转换为双精度类型

  • #3407: MAINT: 使用 assert_warns 替代更复杂的机制

  • #3409: ENH: 在 signal/_peak_finding.py 中改用数组视图

  • #3416: Issue 3376 : stats f_oneway 需要浮点数

  • #3419: BUG:工具:修复 detect_cpu_extensions_wine.py 中 FMA 指令列表的问题。

  • #3420: DOC:stats:在 stats 包级文档中添加 'entropy'。

  • #3429: BUG:在使用后立即关闭中间文件描述符。

  • #3430: MAINT:修复一些 Cython 变量声明以避免警告。

  • #3433: 纠正 chebwin 窗口函数的归一化。

  • #3435: 添加更精确的链接到 R 的分位数文档。

  • #3446: ENH:scipy.optimize - 添加 differential_evolution。

  • #3450: MAINT:从 scipy.stats.mstats_basic 中删除未使用的函数 _kolmog1。

  • #3458: 重制 PR-3084(mstats-stats 比较)的版本。

  • #3462: MAINT:对 chebwin 的低衰减值返回警告。

  • #3463: DOC:linalg:在 matfuncs.py 的函数中添加示例。

  • #3477: ENH:sparse:在 sparsetools 例程中释放 GIL。

  • #3480: DOC:在 deconvolve 文档字符串中添加更多细节。

  • #3484: BLD:修复 MinGW-w64 下 Qhull 构建问题。关闭 gh-3237。

  • #3498: MAINT:io:从 idl.py 中删除旧警告。

  • #3504: BUG:cluster.vq.whiten 在 std==0 时返回 nan 或 inf。

  • #3510: MAINT:stats:重新实现 exponweib 的 pdf 和 logpdf 方法。

  • #3512: 在 pep8 1.5 发布后,修复 TravisCI 上出现的 PEP8 错误。

  • #3514: DOC:似乎 libatlas3-base-dev 从未存在过。

  • #3516: DOC:改进 scipy.sparse 的文档字符串。

  • #3517: ENH:加速 ndimage.filters.min(max)imum_filter1d。

  • #3518: scipy.misc.logsumexp 中的问题。

  • #3526: DOC:为 cwt 添加图形示例,并使用更有趣的信号。

  • #3527: ENH:使用 MINLIST 算法实现 min(max)imum_filter1d。

  • #3537: STY:减少 C 编译器警告数量。

  • #3540: DOC:linalg:为 fractional_matrix_power 添加文档字符串。

  • #3542: kde.py 中的文档错误。

  • #3545: BUG:stats:使用小参数的 stats.levy.cdf 丢失精度。

  • #3547: 错误修正:special:erfcinv 对小参数失去精度。

  • #3553: 文档:卷积示例

  • #3561: 修复:在 ndimage.measurements 中返回位置为 int 而不是…

  • #3564: 修复与 numpy 主分支的测试失败。关闭 gh-3554

  • #3565: 增强:使 interp2d 接受未排序数组进行插值。

  • #3566: 构建:如果无法导入,向元数据添加 numpy 要求。

  • #3567: 文档:将 matfuncs 的文档字符串移动到用户可见函数

  • #3574: 修复 mstats.theilslopes 中的多个 bug

  • #3577: 测试:减少 mstats 测试的敏感性

  • #3585: 清理 scipy.constants 中的代码

  • #3589: 错误修正:sparse:允许运算符重载

  • #3594: 错误修正:lobpcg 对小矩阵(n < 10)返回了错误的值

  • #3598: 维护:修复覆盖率和 coveralls

  • #3599: 维护:symeig – 那是我很久没有听到的名字了

  • #3602: 维护:清理新的 optimize.linprog 并增加几个测试

  • #3607: 错误修正:集成:修复一些 bugs 和文档错误…

  • #3609: 维护:integrate/odepack:消除死去的 Fortran 代码

  • #3616: 修复:无效值

  • #3617: 以 Python-3 兼容的方式对 netcdf 变量进行排序

  • #3622: 文档:为 linprog 函数添加了 0.15.0 发布说明条目。

  • #3625: 修正 cKDTree.sparse_distance_matrix 的文档

  • #3626: 维护:linalg.orth 内存效率

  • #3627: 维护:stats:一些清理工作

  • #3628: 维护:signal:从 wavelets.py 中移除一个无用的函数

  • #3632: 增强:stats:添加 Mood 中位数检验。

  • #3636: 维护:cluster:一些清理工作

  • #3638: 文档:optimize.basinhopping 的文档字符串混淆了单数和…

  • #3639: 错误修正:在 mstats.sem 中将 ddof 默认值改为 1,与…

  • #3640: Weave:弃用该模块并在 TravisCI 上禁用慢速测试

  • #3641: ENH: io.arff.arffread 中添加对日期属性的支持

  • #3644: MAINT: stats: 在 mstats_basic.py 中移除多余的别名

  • #3646: ENH: 向 COO 稀疏矩阵添加 sum_duplicates 方法

  • #3647: 修复 #3596: 使 fftconvolve 线程安全

  • #3650: BUG: sparse: 更智能的随机索引选择

  • #3652: 修正 power_divergence 文档字符串示例中的错误选项名称

  • #3654: 将 EPD 更改为 Canopy

  • #3657: BUG: signal.welch: 确保无论如何都使用浮点数 dtype…

  • #3660: TST: 将一个测试标记为已知失败

  • #3661: BLD: 忽略 pep8 的 E302 错误(期望 2 个空行,找到 1 个)

  • #3663: BUG: 修复泄漏的 errstate,并在测试中忽略 invalid= 错误

  • #3664: BUG: 当 in2.size > in1.size 时,correlate 的速度极慢

  • #3667: ENH: 在多变量正态分布的概率密度函数中添加默认参数

  • #3670: ENH: FFT 大小检查的小幅加速

  • #3671: DOC: 在 0.15 版发行说明中添加 differential_evolution 函数

  • #3673: BUG: interpolate/fitpack: 传递给 Fortran 程序的参数可能不…

  • #3674: 添加对现有 netcdf 文件追加的支持

  • #3681: 加速 test('full'),解决 Travis CI 超时问题

  • #3683: ENH: cluster: 重写并优化 vq 在 Cython 中的实现

  • #3684: 更新 special 文档

  • #3688: special 文档字符串中的空格

  • #3692: ENH: scipy.special: 改进 sph_harm 函数

  • #3693: 更新 signal 和 fftpack 的 refguide 条目

  • #3695: 更新 continuous.rst

  • #3696: ENH: 在 dendrogram() 中检查有效的 'orientation' 关键字

  • #3701: 在 filtfilt 中将 'a' 和 'b' 系数转换为至少 1 维数组

  • #3702: BUG: cluster: _vq 无法处理大尺寸特征

  • #3704: BUG: special: ellip(k,e)inc 期望的值为 nan 和 double

  • #3707: BUG: 在 RegularGridInterpolator 中正确处理 fill_value 的 dtype 检查

  • #3708: 在无法读取 mat 文件时重新引发异常。

  • #3709: BUG: 在 KroghInterpolator._evaluate 中将'x'转换为正确的 dtype

  • #3712: ENH: cluster: 在 Cython 中重新实现 K-means 的更新步骤

  • #3713: FIX: 检查 lfiltic 的类型

  • #3718: 将 INSTALL 文件扩展名更改为 rst

  • #3719: 解决 svds 返回零输入矩阵的 nans

  • #3722: MAINT: spatial: 静态、未使用的代码、sqrt(sqeuclidean)

  • #3725: ENH: 如果可用,使用 numpy 的 nanmedian

  • #3727: TST: 添加一个新的 fixed_point 测试,并更改一些测试函数...

  • #3731: BUG: 修复 scipy.integrate.quadrature 中的 romb

  • #3734: DOC: 简化带有 semilogx 的示例

  • #3735: DOC: 在 lti.impulse/step 中添加最小的文档字符串

  • #3736: BUG: 将 pchip 参数转换为浮点数

  • #3744: 对 Akima1DInterpolator 的继承方法进行存根处理

  • #3746: DOC: 修复 Raises 部分的格式

  • #3748: ENH: 添加离散 Lyapunov 变换求解

  • #3750: 启用 Python 3.4 的自动化测试

  • #3751: 反向 Cuthill-McKee 和最大二分匹配重新排序...

  • #3759: MAINT: 避免使用浮点数组进行索引

  • #3762: TST: 在 vq 测试中过滤掉 RuntimeWarning

  • #3766: TST: cluster: 在 test_hierarchy.py 中进行一些清理

  • #3767: ENH/BUG: 支持椭圆积分中的负 m

  • #3769: ENH: 避免重复的矩阵求逆

  • #3770: BUG: signal: 在 lfilter_zi 中,当...时,b 没有正确重新缩放

  • #3772: STY: 避免在 csr_matrix.getcol/row 中不必要的转置

  • #3773: ENH: 在 UnivariateSpline 调用中添加 ext 参数

  • #3774: BUG: 在 integrate/quadpack.h 中,将所有声明放在语句之前。

  • #3779: Incbet 修复

  • #3788: BUG: 修复 lombscargle 中的 ZeroDivisionError

  • #3791: 文档构建的一些维护工作

  • #3795: scipy.special.legendre 文档字符串

  • #3796: TYPO: sheroidal -> spheroidal

  • #3801: BUG: shortest_path 覆盖

  • #3803: TST: lombscargle 回归测试涉及 atan 与 atan2

  • #3809: ENH: 正交 Procrustes 求解器

  • #3811: ENH: scipy.special, 实现了椭球谐函数:…

  • #3819: BUG: 从一个没有零的 ndarray 创建完全连接的 csgraph

  • #3820: MAINT: 避免在 binom(n, p=0).mean()等中出现虚假警告

  • #3825: 不要声称 scipy.cluster 进行距离矩阵计算。

  • #3827: 获取和设置 coo_matrix 的对角线,以及相关的 csgraph 拉普拉斯…

  • #3832: DOC: 在整合/nquad 文档字符串中进行小的添加。

  • #3845: 修复#3842:scipy.optimize.line_search 中的错误

  • #3848: BUG: 边缘情况下协方差矩阵恰好为零

  • #3850: DOC: typo

  • #3851: DOC: 为一些 arpack 函数文档化默认参数值

  • #3860: DOC: sparse: 将函数'find'添加到模块级文档字符串中

  • #3861: BUG: 删除不必要的 args 作为实例变量的存储…

  • #3862: BUG: signal: 修复多输出系统在 ss2tf 中的处理。

  • #3865: Feature request: 能够在 FortranFile 中读取异构类型

  • #3866: MAINT: 更新 pip 的 wheelhouse 以供安装使用

  • #3871: MAINT: linalg: 去除 calc_lwork.f

  • #3872: MAINT: 使用 scipy.linalg 而不是 np.dual

  • #3873: BLD: 如果没有安装 Cython,显示更详细的消息。

  • #3874: TST: cluster: 清理层次结构测试数据

  • #3877: DOC: 添加 Savitzky-Golay 滤波器版本说明

  • #3878: DOC: 将 versionadded 移到 notes

  • #3879: 对文档进行了小的调整

  • #3881: FIX 修复了 fancy 赋值期间的排序错误

  • #3885: kendalltau 函数现在在使用空数组时返回 nan 元组…

  • #3886: BUG:修正 linprog 的关键字参数顺序以匹配文档

  • #3888: BUG:optimize:在 _linprog_simplex 中处理…的情况

  • #3891: BUG:stats:修复 chi2_contingency 中的 ValueError 消息。

  • #3892: 文档:sparse.linalg:修复 lobpcg 的文档字符串。

  • #3894: 文档:stats:各种文档字符串编辑。

  • #3896: 修复矩阵市场格式解析中的 2 处错误

  • #3897: BUG:第二类相关 Legendre 函数对于 1<x<1.0001

  • #3899: BUG:在 alngam 中修复未定义的行为

  • #3906: 维护/文档:在多个文档字符串中进行空白调整。

  • #3907: 测试:放宽插值测试的边界以适应四舍五入…

  • #3909: 维护:为了兼容性创建一个通用版本的 count_nonzero

  • #3910: 修复主分支中的几个测试错误

  • #3911: 在 HTML 文档中使用 MathJax

  • #3914: 重新设计 _roots 函数并进行文档化。

  • #3916: 移除所有 linpack_lite 代码,并用 LAPACK 程序替换

  • #3917: 样条,常数外推

  • #3918: 文档:微调 rv_discrete 的文档字符串示例

  • #3919: 积分速度提升:scipy.special.orthogonal.p_roots 使用缓存

  • #3920: 文档:澄清 curve_fitsigma 参数的文档字符串

  • #3922: 修复 linprog 中的文档字符串问题(修复 #3905)。

  • #3924: 必要时将参数强制转换为元组。

  • #3926: 文档:在文档字符串中用反引号括起统计类方法。

  • #3927: 修改 rombdx 参数文档。

  • #3928: 在 LSQUnivariateSpline 中检查 FITPACK 条件

  • #3929: 添加了关于使用 NaN 的 leastsq 的警告。

  • #3930: 增强:optimize:如果 pcov 无法确定,curve_fit 现在会发出警告

  • #3932: 澄清了 k > n 的情况。

  • #3933: 文档:在此处和那里删除 import scipy as sp 的缩写

  • #3936: 为从…导入的测试数据添加许可和版权持有者

  • #3938: 文档:修正了返回类型的文档。

  • #3939: 文档:fitpack:在 splrep docstring 中添加有关 Sch-W 条件的注释

  • #3940: 测试:integrate:删除 odeint 的无效测试。

  • #3942: 修复:修正 eigsh 的错误消息。

  • #3943: 增强:释放 GIL 以进行 ndimage 的过滤和插值

  • #3944: 修复:如果窗口数据类型不支持,则引发值错误

  • #3946: 修复 signal.get_window 与 Unicode 窗口名称的问题

  • #3947: 维护:在 stats.mstats 中进行一些 docstring 修复和样式清理

  • #3949: 文档:修复 stats docstrings 中的一些问题。

  • #3950: 测试:sparse:删除不会失败的已知失败

  • #3951: 测试:从 Rackspace wheelhouse 切换到 numpy/cython 源码...

  • #3952: 文档:stats:对“chi”分布的小格式修正...

  • #3953: 文档:stats:对 docstrings 进行几处修正和小的添加。

  • #3955: signal.init.py:删除重复的get_window条目

  • #3959: 测试:sparse:更多“已知失败”的 DOK 不会失败

  • #3960: BUG:io.netcdf:如果还有引用,不要关闭 mmap...

  • #3965: 文档:修复构建时发生的更多 sphinx 警告。

  • #3966: 文档:在 HACKING 中添加测试生成器使用指南

  • #3968: BUG:sparse.linalg:使 arpack 中的 Inv 对象可垃圾回收...

  • #3971: 删除所有 linpack_lite 代码,并替换为 LAPACK 例程

  • #3972: 修正错误消息中的拼写错误

  • #3973: 维护:更好的多变量正态分布错误消息。

  • #3981: 转换以信息理论函数命名的 scipy.special 函数...

  • #3984: 包装 her, syr, her2, syr2 blas 例程

  • #3990: 改进 UnivariateSpline 文档

  • #3991: 增强:stats:为 describe 输出返回命名元组

  • #3993: 文档:stats:percentileofscore 参考 np.percentile

  • #3997: BUG:linalg:pascal(35)错误:最后一个元素溢出...

  • #3998: MAINT:使用 isMaskedArray 而不是 is_masked 来检查类型

  • #3999: TST:针对所有 boost 数据文件进行测试。

  • #4000: BUG:在几个分布中修复边缘情况处理。

  • #4003: ENH:在 fitpack 中使用 Python 的警告而不是打印信息。

  • #4004: MAINT:optimize:在 zeros.c 中删除一些未使用的变量

  • #4006: BUG:修复NI_MinOrMaxFilter1D中 C90 编译器的警告

  • #4007: MAINT/DOC:在几个文件中修正‘decomposition’的拼写。

  • #4008: DOC:stats:拆分分布描述…

  • #4015: TST:logsumexp 回归测试

  • #4016: MAINT:从 logsumexp 中删除一些与 inf 相关的警告

  • #4020: DOC:stats:修正几个分布文档字符串中的空白字符

  • #4023: 赋值前需要一个空格

  • #4024: 在 dendrogram()中:更正一个参数名称和语法问题…

  • #4041: BUG:misc:确保 PIL 的'resize'的'size'参数…

  • #4049: BUG:_logpmf 的返回

  • #4051: BUG:整数矩阵的 expm

  • #4052: ENH:integrate:odeint:处理回调函数中的异常。

  • #4053: BUG:stats:重构参数验证以避免 Unicode 问题。

  • #4057: 为 scipy.sparse.linalg.svds 文档添加换行以正确…

  • #4058: MAINT:stats:在发布中添加对 scoreatpercentile 更改的说明…

  • #4059: ENH:interpolate:允许 splev 接受 n 维数组。

  • #4064: 为 scipy.signal.find_peaks_cwt 记录返回值

  • #4074: ENH:支持将 LinearOperator 作为 svds 的输入

  • #4084: BUG:在 scipy/io/matlab/streams.pyx 中匹配异常声明…

  • #4091: DOC:special:关于如何评估多项式的更清晰说明

  • #4105: BUG:在 Accelerate 中解决 SGEMV 段错误的问题

  • #4107: DOC:在示例中消除‘import *’

  • #4113: DOC:修正 distance.yule 中的拼写错误

  • #4114: 维护 C 修复

  • #4117: 弃用:nanmean、nanmedian 和 nanstd,推荐使用它们的 numpy…

  • #4126: scipy.io.idl:支持描述记录并修复与 null 的 bug…

  • #4131: 增强:在更多 ndimage 函数中释放 GIL

  • #4132: 维护:统计:修正一个拼写错误 [skip ci]

  • #4145: 文档:修复 nc chi-squared dist 的文档错误

  • #4150: 修复 _nd_image.geometric_transform 的字节序 bug

  • #4153: 维护:在 lib/lapack/ f2py 中移除已弃用的 numpy API…

  • #4156: 维护:优化:移除无用的代码

  • #4159: 维护:优化:清理 Zeros 代码

  • #4165: 文档:将缺失的特殊函数添加到 doc

  • #4172: 文档:移除误导性的 procrustes 文档字符串行

  • #4175: 文档:稀疏矩阵:澄清 CSC 和 CSR 构造器的使用方式

  • #4177: 维护:允许 np.matrix 输入到 solve_discrete_lyapunov

  • #4179: 测试:修复 special.legendre 的一个间歇性失败的测试用例

  • #4181: 维护:在释放前移除不必要的空指针检查

  • #4182: 椭球谐波

  • #4183: 跳过 Travis-CI 中的 Cython 构建

  • #4184: Pr 4074

  • #4187: Pr/3923

  • #4190: 错误修复:special:修复 ellip_harm 构建问题

  • #4193: 构建:修复 msvc 编译器错误

  • #4194: 错误修复:修复在 win-amd64 上的缓冲区 dtype 不匹配问题

  • #4199: 增强:将 scipy.stats.describe 输出从 datalen 改为 nobs

  • #4201: 文档:在发布说明中添加 blas2 和 nan* 的弃用信息

  • #4243: 测试:提升测试容忍度

SciPy 0.14.1 发布说明

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.14.1-notes.html

SciPy 0.14.1 是一个纯 bug 修复版本,与 0.14.0 相比没有新功能。

问题已关闭

  • #3630: NetCDF 读取导致段错误

  • #3631: 复数矩阵中 SuperLU 对象未按预期工作

  • #3733: 从 map_coordinates 中的段错误

  • #3780: 使用 CSR/CSC 矩阵和 uint32/uint64 时出现段错误

  • #3781: BUG:sparse:修复 sparsetools typemaps 中遗漏的类型

  • #3802: 0.14.0 版本 API 变更:scipy.stats.distributions API 中缺少 _gen 生成器

  • #3805: 使用 numpy 1.10 时的 ndimage 测试失败

  • #3812: csr_matrix 上的 == 有时错误

  • #3853: 使用 numpy 1.9.0b2 时出现许多 scipy.sparse 测试错误/失败

  • #4084: 为了与 Cython 0.21.1 兼容性修复异常声明

  • #4093: BUG:fitpack:避免 splev(x, tck, der=k) 中的内存错误

  • #4104: BUG:在 Accelerate 中解决 SGEMV 的段错误(维护版本 0.14.x)

  • #4143: BUG:修复大数据下的 ndimage 函数

  • #4149: 整数数组中 expm 存在的 Bug

  • #4154: 回溯 gh-4041 至 0.14.1(确保 PIL 的 'resize' 方法的 'size' 参数是一个元组)

  • #4163: 回溯 #4142(scipy.sparse.linalg.lsqr 中的 ZeroDivisionError)

  • #4164: 回溯 gh-4153(移除 lib/lapack/ f2py 包装器中的废弃 numpy API 使用)

  • #4180: 回溯 pil resize 支持元组修复

  • #4168: 在 Windows 32 位系统上,使用 numpy 1.9.1 时出现大量 arpack 测试失败

  • #4203: 在 0.14.x 中的矩阵乘法比以前慢了超过 10 倍...

  • #4218: 尝试使 ndimage 插值与 numpy 兼容放松...

  • #4225: BUG:PPoly 形状检查中的 off-by-one 错误

  • #4248: BUG:optimize:修复 slsqp 中使用闭包的问题

SciPy 0.14.0 发行说明

原文链接:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.14.0-notes.html

内容

  • SciPy 0.14.0 发行说明

    • 新功能

      • scipy.interpolate 改进

      • scipy.linalg 改进

      • scipy.optimize 改进

      • scipy.stats 改进

      • scipy.signal 改进

      • scipy.special 改进

      • scipy.sparse 改进

    • 弃用功能

      • anneal

      • scipy.stats

      • scipy.interpolate

    • 不兼容的变更

      • scipy.special.lpmn

      • scipy.sparse.linalg

      • scipy.stats

      • scipy.interpolate

    • 其他变更

    • 作者

      • 已关闭的问题

      • 拉取请求

SciPy 0.14.0 是 8 个月辛勤工作的结晶。它包含许多新功能、大量错误修复、改进的测试覆盖率和更好的文档。本次发布中有一些弃用和 API 变更,下面有详细记录。建议所有用户升级到此版本,因为它包含大量错误修复和优化。此外,我们的开发重点现在将转移到 0.14.x 分支上的错误修复版本和主分支上添加新功能。

此版本要求 Python 2.6、2.7 或 3.2-3.4,并且需要 NumPy 1.5.1 或更高版本。

新功能

scipy.interpolate 改进

已添加一个新的包装函数 scipy.interpolate.interpn,用于在规则网格上进行插值。interpn 支持任意维度的线性和最近邻插值,以及二维样条插值。

已添加了基于幂和伯恩斯坦多项式基础的分段多项式的更快实现,作为 scipy.interpolate.PPolyscipy.interpolate.BPoly。新用户应优先使用这些,而不是 scipy.interpolate.PiecewisePolynomial

scipy.interpolate.interp1d 现在接受非单调输入并对其进行排序。如果性能至关重要,可以通过新的 assume_sorted 关键字来关闭排序。

scipy.interpolate 中添加了评估双变量样条导数的功能。

新的类 scipy.interpolate.Akima1DInterpolator 实现了 H. Akima 设计的分段三次多项式插值方案。

增加了用于在任意维度中对规则不均匀网格进行快速插值的功能,作为 scipy.interpolate.RegularGridInterpolator

scipy.linalg 改进

新的函数 scipy.linalg.dft 计算离散傅里叶变换的矩阵。

为矩阵指数的条件数估计功能增加了函数 scipy.linalg.expm_cond

scipy.optimize 改进

添加了一个可以通过 optimize.bench() 运行的优化基准集。

scipy.optimize.curve_fit 现在通过 absolute_sigma 关键字具有更可控的误差估计。

支持将自定义最小化方法传递给 optimize.minimize()optimize.minimize_scalar() ,目前特别适用于将 optimize.basinhopping() 与自定义局部优化器例程结合使用。

scipy.stats 改进

增加了一个新的类 scipy.stats.multivariate_normal ,具有多变量正态随机变量的功能。

scipy.stats 分布框架上做了大量工作。矩时计算(主要是偏度和峰度)已修复和验证,所有示例现在都可以运行,并为各个分布进行了许多小的精度和性能改进。

新的函数 scipy.stats.anderson_ksamp 计算 k 样本 Anderson-Darling 检验,检验假设 k 个样本来自同一总体。

scipy.signal 改进

scipy.signal.iirfilter 和相关函数现在在内部使用极点-零点(“zpk”)格式设计 Butterworth、Chebyshev、椭圆和 Bessel IIR 滤波器,而不是使用分子/分母格式进行变换。由此产生的滤波器的准确性,特别是高阶滤波器,显著提高。

使用新函数scipy.signal.savgol_filterscipy.signal.savgol_coeffs添加了 Savitzky-Golay 滤波器。

新函数scipy.signal.vectorstrength计算事件集的向量强度,一种相位同步度量。

scipy.special 改进

新增了计算 Box-Cox 变换的函数scipy.special.boxcoxscipy.special.boxcox1p

scipy.sparse 改进

  • CSR、CSC 和 DOK 索引速度显著提升。

  • 使用 Numpy >= 1.9(将在 MM 2014 年发布)时,将稀疏矩阵传递给np.dotnp.multiply等 ufuncs 的参数时,功能正常。对于较早的 Numpy 和 Scipy 版本,此类操作的结果未定义且通常是意外的。

  • 稀疏矩阵不再限于2³¹非零元素。包含更多元素的矩阵自动切换到使用 64 位索引数据类型。假定稀疏矩阵使用 int32 作为索引数据类型的用户代码将继续工作,除非是这种大矩阵。处理更大矩阵的代码需要接受 int32 或 int64 索引。

已弃用特性

anneal

全局最小化函数scipy.optimize.anneal已弃用。所有用户应改用函数scipy.optimize.basinhopping

scipy.stats

randwcdfrandwppf函数已弃用。所有用户应改用特定分布的rvs方法。

概率计算别名zprobfprobksprob已弃用。应改用相应分布的sf方法或直接使用special函数。

scipy.interpolate

PiecewisePolynomial类已弃用。

不兼容的后向变更

scipy.special.lpmn

lpmn不再接受复值参数。新增了具有统一复解析行为的新函数clpmn,应改用该函数。

scipy.sparse.linalg

在广义特征值问题中,特征向量被标准化为 2-范数中的单位向量,而不是遵循 LAPACK 标准化约定。

由于许可证和安装问题,已移除了scipy.sparse.linalg中的 UMFPACK 包装器。如果可用,spsolvefactorized函数在使用时仍然会透明地使用scikits.umfpack。否则,这些函数将改用 SuperLU。

scipy.stats

已从scipy.stats中移除了不推荐使用的函数glmonewaycmedian

stats.scoreatpercentile现在返回数组而不是百分位数列表。

scipy.interpolate

用于计算分段线性插值导数的 API 已更改:如果pPchipInterpolator对象,则p.derivative(der)返回表示p导数的可调用对象。对于就地导数计算,请使用call方法的第二个参数:p(0.1, der=2)x=0.1处评估p的二阶导数。

方法p.derivatives已被移除。

其他变更

作者

  • Marc Abramowitz +

  • Anders Bech Borchersen +

  • Vincent Arel-Bundock +

  • Petr Baudis +

  • Max Bolingbroke

  • François Boulogne

  • Matthew Brett

  • Lars Buitinck

  • Evgeni Burovski

  • CJ Carey +

  • Thomas A Caswell +

  • Pawel Chojnacki +

  • Phillip Cloud +

  • Stefano Costa +

  • David Cournapeau

  • David Menendez Hurtado +

  • Matthieu Dartiailh +

  • Christoph Deil +

  • Jörg Dietrich +

  • endolith

  • Francisco de la Peña +

  • Ben FrantzDale +

  • Jim Garrison +

  • André Gaul

  • Christoph Gohlke

  • Ralf Gommers

  • Robert David Grant

  • Alex Griffing

  • Blake Griffith

  • Yaroslav Halchenko

  • Andreas Hilboll

  • Kat Huang

  • Gert-Ludwig Ingold

  • James T. Webber +

  • Dorota Jarecka +

  • Todd Jennings +

  • Thouis(Ray)Jones

  • Juan Luis Cano Rodríguez

  • ktritz +

  • Jacques Kvam +

  • Eric Larson +

  • Justin Lavoie +

  • Denis Laxalde

  • Jussi Leinonen +

  • lemonlaug +

  • Tim Leslie

  • Alain Leufroy +

  • George Lewis +

  • Max Linke +

  • Brandon Liu +

  • Benny Malengier +

  • Matthias Kümmerer +

  • Cimarron Mittelsteadt +

  • Eric Moore

  • Andrew Nelson +

  • Niklas Hambüchen +

  • Joel Nothman +

  • Clemens Novak

  • Emanuele Olivetti +

  • Stefan Otte +

  • peb +

  • Josef Perktold

  • pjwerneck

  • poolio

  • Jérôme Roy +

  • Carl Sandrock +

  • Andrew Sczesnak +

  • Shauna +

  • Fabrice Silva

  • Daniel B. Smith

  • Patrick Snape +

  • Thomas Spura +

  • Jacob Stevenson

  • Julian Taylor

  • Tomas Tomecek

  • Richard Tsai

  • Jacob Vanderplas

  • Joris Vankerschaver +

  • Pauli Virtanen

  • Warren Weckesser

一共有 80 位贡献者参与了这次发布。名单中标有“+”符号的人是首次贡献补丁的。此名单是自动生成的,可能并非完全完整。

关闭的问题

  • #1325: 在 scipy.cluster.hierarchy 的 dendrogram 函数中添加自定义 axis 关键字…

  • #1437: 负整数的 Pochhammer 符号错误(Trac #910)

  • #1555: scipy.io.netcdf 泄漏文件描述符(Trac #1028)

  • #1569: 使用 numpy.multiply()进行元素乘法时,稀疏矩阵失败…

  • #1833: 稀疏矩阵限制在 2³² 非零元素(Trac #1307)

  • #1834: scipy.linalg.eig 如果给定 B,则不会规范化特征向量…

  • #1866: invgamma 的统计信息(Trac #1340)

  • #1886: stats.zipf 浮点警告(Trac #1361)

  • #1887: Stats 连续分布 - 浮点警告(Trac…

  • #1897: scoreatpercentile() 不处理空列表输入(Trac #1372)

  • #1918: splint 返回不正确的结果(Trac #1393)

  • #1949: mstats 中的 kurtosistest 因类型错误失败(Trac #1424)

  • #2092: scipy.test 留下 darwin27compiled_catalog、cpp 和 so 文件…

  • #2106: stats ENH:分布文档字符串中的形状参数(Trac…

  • #2123: 二元 ufunc 中稀疏矩阵的不良行为(Trac #1598)

  • #2152: 修复 Python 3 上 gzip 的 mmio/fromfile(Trac #1627)

  • #2164: stats.rice.pdf(x, 0) 返回 nan(Trac #1639)

  • #2169: scipy.optimize.fmin_bfgs 未处理带边界的函数…

  • #2177: scipy.cluster.hierarchy.ClusterNode.pre_order 返回 IndexError…

  • #2179: coo.todense() 导致段错误(Trac #1654)

  • #2185: scipy.ndimage.gaussian_filter*() 的精度受限(Trac #1660)

  • #2186: scipy.stats.mstats.kurtosistest 在 1d 输入上崩溃(Trac #1661)

  • #2238: hypergeom.cdf 上的负 p 值(Trac #1719)

  • #2283: 插值例程中的升序问题(Trac #1764)

  • #2288: mstats.kurtosistest 错误地转换为 float,并失败…

  • #2396: lpmn 对 |z| > 1 的错误结果(Trac #1877)

  • #2398: ss2tf 返回 num 作为 2D 数组而非 1D(Trac #1879)

  • #2406: linkage 不接受 Unicode 字符串作为方法名(Trac #1887)

  • #2443: IIR 滤波器设计不应在内部转换为 tf 表示

  • #2572: splu 的类方法 solve 返回损坏或错误的对象…

  • #2667: stats 陷入无限循环?

  • #2671: .stats.hypergeom 文档中关于 pmf 的注释错误

  • #2691: BUG scipy.linalg.lapack:potrf/ptroi 解释它们的 'lower'...

  • #2721: 允许在 scipy.sparse 切片中使用省略号

  • #2741: stats:废弃并移除特殊函数的别名

  • #2742: stats 添加 rvs 到 rice 分布

  • #2765: stats 熵中的错误

  • #2832: argrelextrema 在未找到峰值时返回两个空数组元组...

  • #2861: scipy.stats.scoreatpercentile 对向量 per 损坏

  • #2891: COBYLA 在违反约束条件时成功终止

  • #2919: 当前主分支的测试失败

  • #2922: ndimage.percentile_filter 对多维...

  • #2938: Sparse/dense 矩阵原地操作由于 numpy_ufunc 失败

  • #2944: MacPorts 构建产生 40Mb 的构建警告

  • #2945: FAIL:test_basic.TestDet 中的 test_random_complex

  • #2947: FAIL:对 savgol_filter() 的一些微不足道的边界案例进行测试失败

  • #2953: Scipy Delaunay 三角剖分未定向

  • #2971: scipy.stats.mstats.winsorize 文档错误

  • #2980: 运行看似完全有效的示例出现问题

  • #2996: rv_discrete 的 entropy 是不正确的?!

  • #2998: 修复 numpy 版本比较问题

  • #3002: python setup.py install 失败

  • #3014: stats.fisher_exact 存在错误

  • #3030: scipy.stats.distribution.entropy 使用相对熵时...

  • #3037: scipy.optimize.curve_fit 输入时导致意外行为...

  • #3047: mstats.ttest_rel 中 axis=None,需要掩码数组

  • #3059: BUG:稀疏矩阵切片返回错误的 dtype

  • #3063: binned_statistics 中 range 关键字不正确

  • #3067: cumtrapz 不按预期工作

  • #3069: sinc

  • #3086: 'stats' 和 'mstats' 之间标准误差计算不一致

  • #3094: 在 scipy.misc 中添加 perm 函数,并增强…

  • #3111: scipy.sparse.[hv]stack 不再遵守 dtype 参数

  • #3172: optimize.curve_fit 使用与 optimize.leastsq 不同的命名法

  • #3196: scipy.stats.mstats.gmean 实际上不接受 dtype

  • #3212: csr_matrix 的点积导致分段错误

  • #3227: 当初始猜测正确时,broyden1 中的 ZeroDivisionError

  • #3238: lbfgsb 输出未由 disp=0 抑制

  • #3249: Sparse matrix 的 min/max 等不支持 axis=-1

  • #3251: cdist 使用 'sqeuclidean' 度量存在性能问题

  • #3279: logm 对奇异矩阵失败

  • #3285: signal.chirp(method=’hyp’) 不允许双曲上扬

  • #3299: MEMORY LEAK: fmin_tnc

  • #3330: 当前主分支中的测试失败

  • #3345: scipy 和/或 numpy 更改导致另一个测试失败…

  • #3363: splu 不适用于非向量输入

  • #3385: expit 无法很好地处理大参数

  • #3395: specfun.f 在 MinGW 下无法编译

  • #3399: scipy.cluster.hierarchy.linkage 中的错误消息问题

  • #3404: interpolate._ppoly 无法在 MinGW 中构建

  • #3412: signal 中的测试失败

  • #3466: `scipy.sparse.csgraph.shortest_path``scipy.sparse.csr_matrix``lil_matrix` 上无法运行

Pull requests

  • #442: ENH: sparse: 启用 64 位索引数组 & nnz > 2**31

  • #2766: DOC: 移除 doc/seps/technology-preview.rst

  • #2772: TST: stats: 为 stats.wilcoxon 添加回归测试。关闭…

  • #2778: 清理 stats._support,关闭统计审查问题

  • #2792: BUG io: 修复 netcdf 变量的文件描述符关闭

  • #2847: Rice 分布:扩展到 b=0,并添加显式的 rvs 方法。

  • #2878: [stats] 修复 dweibull 分布的更高阶矩公式

  • #2904: ENH:zipf 分布的矩

  • #2907: ENH:使用 coveralls.io 为 Travis 运行添加覆盖信息。

  • #2932: BUG+TST:为 dia_matrix 实现 setdiag 方法(关闭 #2931)…

  • #2942: 由 Eclipse PyDev 静态代码分析指出的杂项修复

  • #2946: ENH:允许 interp1d 中非单调输入

  • #2986: BUG:runtests:运行测试时从根目录切换路径

  • #2987: DOC:linalg:不建议使用 np.linalg.norm

  • #2992: ENH:在 dijkstra 计算中添加 “limit” 参数

  • #2995: ENH:使用 int 类型的形状

  • #3006: DOC:stats:在 docstring 中添加一个对数基数注释

  • #3007: DEP:stats:弃用 randwppf 和 randwcdf

  • #3008: 修复 mstats.kurtosistest,并测试 skewtest/normaltest 的覆盖率

  • #3009: 次要的 reST 打印错误

  • #3010: 将 scipy.optimize.Result 添加到 API 文档

  • #3012: 纠正文档错误

  • #3052: PEP-8 符合性改进

  • #3064: 分箱统计

  • #3068: 修复问题 #3067,修复了在…时引发异常的 cumptrapz

  • #3073: 具有 1 个字符名义值的 Arff 读取器

  • #3074: 一些维护工作

  • #3080: 检查和清理所有 Box-Cox 函数

  • #3083: Bug:如果没有找到区域,则应返回 0

  • #3085: BUG:在 IIR 滤波器设计中使用 zpk 来提高精度

  • #3101: 将 stats 测试稍微重构

  • #3112: ENH:在一维中实现 Akima 插值

  • #3123: MAINT:通过切片更简单地生成范围

  • #3124: imread 和 imsave 的文件对象支持

  • #3126: pep8ify stats/distributions.py

  • #3134: MAINT:将 distributions.py 拆分为三个文件

  • #3138: 清理离散分布的测试

  • #3155: 特殊函数中处理边缘情况 lambda=0 的问题,包括 pdtr、pdtrc 和 pdtrik

  • #3156: 将 optimize.Result 重命名为 OptimizeResult

  • #3166: BUG: 使 curve_fit() 能处理 array_like 输入。关闭 gh-3037。

  • #3170: 修复 numpy 版本检查

  • #3175: 使用 numpy 的 sinc 函数

  • #3177: 更新 numpy 版本警告,移除 oldnumeric 导入

  • #3178: DEP: 移除已弃用的 umfpack 包装器。关闭 gh-3002。

  • #3179: DOC: 将 BPoly 添加到文档中

  • #3180: 运行 stats.test() 时抑制警告

  • #3181: 在 mstats 中修改 sem 函数以匹配 stats 模块

  • #3182: 使 weave 测试行为正常

  • #3183: ENH: 在 stats 模块中添加 k-样本 Anderson-Darling 检验

  • #3186: 修复 stats.scoreatpercentile

  • #3187: DOC: 使 curve_fit 的命名与 leastsq 一致

  • #3201: 在 dendrogram 函数中添加 axis 关键字

  • #3207: 使 stats.distributions 中的文档字符串示例可运行

  • #3218: BUG: integrate 模块中修复带宽雅可比矩阵的处理问题在 “vode” 和…

  • #3222: BUG: 限制 special.nctdtr 中的输入范围

  • #3223: 修复在 numpy 主分支上的测试错误

  • #3224: 修复 sparsetools 中 int32 溢出的问题

  • #3228: DOC: tf2ss 中的 zpk2ss 注意控制器的规范形式

  • #3234: 添加 See Also 链接和示例图到 filter design *ord 函数

  • #3235: 更新 buttord 函数以与其他函数一致

  • #3239: 修正 pchip 插值的文档

  • #3240: DOC: 修复 BPoly 文档字符串中的 ReST 错误

  • #3241: RF: 检查文件对象的写入属性,而不进行实际写入

  • #3243: 统计模块的一些维护工作

  • #3245: BUG/ENH: stats 模块:使冻结分布保持独立实例

  • #3247: 增强功能:返回稀疏矩阵中每行/列的非零元素数量

  • #3248: ENH:使用轴进行更有效的稀疏 min/max

  • #3252: 快速 sqeuclidean

  • #3253: FIX:支持稀疏减少方法中的 axis=-1 和-2

  • #3254: TST:测试稀疏矩阵操作中的非规范输入

  • #3272: BUG:稀疏:修复 dia_matrix.setdiag 中的错误

  • #3278: 运行 paver sdist 时也生成 tar.xz

  • #3286: DOC:更新 0.14.0 版本发布说明。

  • #3289: TST:删除测试中不安全的 mktemp 使用

  • #3292: MAINT:修复对 stats.distributions.all 的向后不兼容更改

  • #3293: ENH:信号:允许在“hyperbolic”中的频率上扫描

  • #3302: ENH:在 stats.mstats.gmean 和 stats.mstats.hmean 中添加 dtype 参数

  • #3307: DOC:在 tf2zpk 中添加关于不同 ba 形式的说明

  • #3309: DOC:增强 scipy.stats.mstats.winsorize 文档

  • #3310: DOC:在 mmio 文档字符串中澄清矩阵与数组的区别

  • #3314: BUG:修复 Python3 下 scipy.io.mmread()读取 gzipped 文件的问题

  • #3323: ENH:在任意维度上的规则网格上进行高效插值

  • #3332: DOC:清理 scipy.special 文档

  • #3335: ENH:改进 nanmedian 性能

  • #3347: BUG: 修复在 stats.fisher_exact 中使用 np.max 的问题

  • #3356: ENH:稀疏:通过 Cython 加速 LIL 索引和赋值

  • #3357: 修复“imresize 不适用于 size=int”

  • #3358: MAINT:将 AkimaInterpolator 重命名为 Akima1DInterpolator

  • #3366: WHT:稀疏:重新缩进dsolve/*.c *.h

  • #3367: BUG:稀疏/解决方案:修复 superlu 中密集矩阵 Fortran 顺序的错误…

  • #3369: ENH:minimize,minimize_scalar:添加对用户提供的支持…

  • #3371: scipy.stats.sigmaclip 在 html 文档中未显示。

  • #3373: BUG: 稀疏矩阵/解决方案:检测超级 LU 中无效的 LAPACK 参数…

  • #3375: ENH:稀疏/解决方案:使 splu 和 spilu 的 L 和 U 因子…

  • #3377: MAINT:使 travis 构建针对 Numpy 1.5 的一个目标

  • #3378: 维护:fftpack:在几个测试中移除 'import *' 的使用

  • #3381: 维护:将 np.isinf(x) & (x>0) 替换为 np.isposinf(x) 以避免…

  • #3383: 维护:在没有 float96 的平台上跳过 float96 测试

  • #3384: 维护:将 pyflakes 添加到 Travis-CI

  • #3386: 错误:稳定评估 expit

  • #3388: 错误:SuperLU:修复未声明的 dlamch

  • #3389: 错误:稀疏:在必要时安全地将 64 位索引降级为 intp

  • #3390: 错误:非线性求解器不会被幸运猜测所混淆

  • #3391: 测试:修复稀疏测试中由于 np.matrix.sum() 中使用 axis=-1,-2 导致的错误

  • #3392: 错误:稀疏/lil:修复 fused 类型查找中的 Cython bug

  • #3393: 错误:稀疏/压缩:解决早期 np.unique 中的 bug

  • #3394: 错误:允许非根节点的 ClusterNode.pre_order() 方法

  • #3400: 错误:cluster.linkage 中的 ValueError 打字错误修复

  • #3402: 错误:special:在 specfun.f 中,用 DCMPLX 替换 CMPLX 的使用

  • #3408: 维护:稀疏矩阵:适配 Numpy 1.5 版本兼容性修复

  • #3410: 维护:插值:修复 _ppoly 中的 blas 定义

  • #3411: 维护:在 interpolate 中修复 Numpy 1.5 的问题

  • #3413: 修复与旧版本 numpy 的更多测试问题

  • #3414: 测试:在过滤器测试中放宽一些误差容限…

  • #3415: 维护:工具:自动关闭发布版的问题和 PR 列表

  • #3440: 维护:手动包装 sparsetools 而不是通过 SWIG 自动化处理

  • #3460: 测试:以二进制模式打开图像文件

  • #3467: 错误:修复 csgraph.shortest_path 中的验证问题

SciPy 0.13.2 发布说明

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.13.2-notes.html

SciPy 0.13.2 是一个修复了 bug 的版本,与 0.13.1 相比没有新功能。

修复的问题

  • 3096: 需要 Cython 0.19,早期版本在融合类型中存在内存泄漏

  • 3079: ndimage.label 修复了 64 位测试的位置问题

  • 3108: optimize.fmin_slsqp 约束违规

SciPy 0.13.1 发布说明

原文链接:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.13.1-notes.html

SciPy 0.13.1 是一个纯粹的 bug 修复版本,与 0.13.0 相比没有新功能。唯一的变化是在 ndimage 中进行了几处修复,其中之一是在 0.13.0 中 ndimage.label 存在的一个严重退化(Github 问题 3025),导致了不正确的结果。

问题已解决

  • 3025: ndimage.label 在 scipy 0.13.0 中返回错误结果

  • 1992: ndimage.label 的返回类型从 int32 改为 uint32

  • 1992: 在某些情况下,ndimage.find_objects 无法处理 int32 输入

SciPy 0.13.0 发布说明

原文:docs.scipy.org/doc/scipy-1.12.0/release/0.13.0-notes.html

内容

  • SciPy 0.13.0 发布说明

    • 新特性

      • scipy.integrate 改进

        • N 维数值积分

        • dopri* 改进

      • scipy.linalg 改进

        • 插值分解

        • 极坐标分解

        • BLAS 第三级函数

        • 矩阵函数

      • scipy.optimize 改进

        • 信任域无约束最小化算法
      • scipy.sparse 改进

        • 布尔比较和稀疏矩阵

        • CSR 和 CSC 精细索引

      • scipy.sparse.linalg 改进

      • scipy.spatial 改进

      • scipy.signal 改进

      • scipy.special 改进

      • scipy.io 改进

        • 未格式化的 Fortran 文件读取器

        • scipy.io.wavfile 增强

      • scipy.interpolate 改进

        • B 样条导数和反导数
      • scipy.stats 改进

    • 已弃用的功能

      • expm2expm3

      • scipy.stats 函数

    • 向后不兼容的更改

      • LIL 矩阵赋值

      • 已弃用的 radon 函数已移除

      • stats.distributions 中移除已弃用的关键字 xaxb

      • MATLAB 文件读取器/写入器的更改

    • 其他变更

    • 作者

SciPy 0.13.0 是经过 7 个月努力的结晶。它包含许多新特性、大量错误修复、改进的测试覆盖率和更好的文档。本次发布中有许多功能已被弃用和 API 更改,这些变更在下文有详细记录。建议所有用户升级到此版本,因为它包含大量错误修复和优化。此外,我们的开发重点现在将转移到 0.13.x 分支的错误修复版本,并在主分支上添加新功能。

此版本需要 Python 2.6、2.7 或 3.1-3.3 以及 NumPy 1.5.1 或更高版本。此版本的亮点包括:

  • 支持使用稀疏矩阵进行精细索引和布尔比较。
  • linalg 模块中的插值分解和矩阵函数
  • 为无约束最小化新增了两个新的信赖域求解器。

新特性

scipy.integrate 的改进

N 维数值积分

新增函数 scipy.integrate.nquad,提供了比 dblquadtplquad 更灵活的 N 维积分功能。

dopri* 的改进

dopri 系列的常微分方程求解器现在可以通过 solout 回调函数访问中间结果。

scipy.linalg 的改进

插值分解

Scipy 现在包括一个新模块 scipy.linalg.interpolative,包含用于计算插值矩阵分解(ID)的相关函数。此功能基于 P.G. Martinsson、V. Rokhlin、Y. Shkolnisky 和 M. Tygert 的 ID 软件包,先前在 K.L. Ho 的 PymatrixId 包中适配为 Python。

极分解

新增函数 scipy.linalg.polar,用于计算矩阵的极分解。

BLAS 第三级函数

BLAS 函数 symm, syrk, syr2k, hemm, herkher2k 现在包含在 scipy.linalg 中。

矩阵函数

几个矩阵函数算法已根据 Nick Higham 及其合著者的最近论文详细描述进行了实现或更新。这些包括矩阵平方根 (sqrtm)、矩阵对数 (logm)、矩阵指数 (expm) 及其 Frechet 导数 (expm_frechet),以及分数矩阵幂 (fractional_matrix_power)。

scipy.optimize 的改进

信赖域无约束最小化算法

minimize 函数新增了两个无约束最小化的信赖域求解器:doglegtrust-ncg

scipy.sparse 的改进

布尔比较和稀疏矩阵

所有稀疏矩阵类型现在都支持布尔数据和布尔运算。两个稀疏矩阵 AB 可以像密集的 Numpy 数组一样进行比较,例如 A < BA >= BA != B。同时也支持与密集矩阵和标量的比较。

CSR 和 CSC 的精细索引

压缩稀疏行和列稀疏矩阵类型现在支持使用布尔矩阵、切片和列表进行精细索引。因此,如果 A 是 CSC 或 CSR 稀疏矩阵,则可以执行如下操作:

>>> A[A > 0.5] = 1  # since Boolean sparse matrices work
>>> A[:2, :3] = 2
>>> A[[1,2], 2] = 3 

scipy.sparse.linalg 的改进

新函数 onenormest 提供了线性算子 1-范数的下界,并根据 Higham 和 Tisseur (2000) 实现。该函数不仅适用于稀疏矩阵,还可用于估算密集矩阵的乘积或幂的范数,而无需显式构建中间矩阵。

线性算子的矩阵指数的乘法作用 (expm_multiply) 已根据 Al-Mohy 和 Higham (2011) 的描述实现。

抽象线性算子 (scipy.sparse.linalg.LinearOperator) 现在可以相乘、相加,并进行指数运算,从而产生新的线性算子。这使得组合线性操作更加容易。

scipy.spatial 的改进

ConvexHull 的顶点现在可以通过 vertices 属性访问,在二维空间中具有适当的方向。

scipy.signal 的改进

添加了余弦窗函数 scipy.signal.cosine

scipy.special 的改进

添加了新函数 scipy.special.xlogyscipy.special.xlog1py。这些函数可以简化和加速需要计算 x * log(y) 的代码,并在 x == 0 时给出 0。

scipy.io 的改进

未格式化的 Fortran 文件读取器

新类 scipy.io.FortranFile 简化了由 Fortran 代码编写的未格式化顺序文件的读取。

scipy.io.wavfile 的增强功能

scipy.io.wavfile.write 现在接受文件缓冲区。之前只接受文件名。

scipy.io.wavfile.readscipy.io.wavfile.write 现在可以处理浮点 WAV 文件。

scipy.interpolate 的改进

B 样条的导数和反导数 (B-spline derivatives and antiderivatives)

添加了用于计算表示 B 样条导数和反导数的 B 样条的函数 scipy.interpolate.splderscipy.interpolate.splantider。这些函数在基于类的 FITPACK 接口中也可用作 UnivariateSpline.derivativeUnivariateSpline.antiderivative

scipy.stats 的改进

分布现在允许在所有方法中使用关键字参数,而不仅仅是位置参数。

函数scipy.stats.power_divergence 现已添加用于 Cressie-Read 力量分歧统计和拟合度检验。包括统计家族中的“G-检验”(en.wikipedia.org/wiki/G-test)。

scipy.stats.mood 现在接受多维输入。

scipy.stats.wilcoxon 添加了连续性修正选项。

scipy.stats.chisquare 现在具有 axis 参数。

scipy.stats.mstats.chisquare 现在具有 axisddof 参数。

弃用功能

expm2expm3

矩阵指数函数 scipy.linalg.expm2scipy.linalg.expm3 已被弃用。所有用户应改用数值更稳健的 scipy.linalg.expm 函数。

scipy.stats 函数

scipy.stats.oneway 已弃用;应改用 scipy.stats.f_oneway

scipy.stats.glm 已弃用。scipy.stats.ttest_ind 是一个等效函数;更全面的一般(和广义)线性模型实现可以在 statsmodels 中找到。

scipy.stats.cmedian 已弃用;应使用 numpy.median

向后不兼容的更改

LIL 矩阵赋值

使用两个索引数组对 LIL 矩阵进行赋值现在类似于对 ndarrays 进行赋值:

>>> x = lil_matrix((3, 3))
>>> x[[0,1,2],[0,1,2]]=[0,1,2]
>>> x.todense()
matrix([[ 0.,  0.,  0.],
 [ 0.,  1.,  0.],
 [ 0.,  0.,  2.]]) 

而不是给出结果:

>>> x.todense()
matrix([[ 0.,  1.,  2.],
 [ 0.,  1.,  2.],
 [ 0.,  1.,  2.]]) 

依赖于先前行为的用户需要重新检查其代码。先前行为可以通过 x[numpy.ix_([0,1,2],[0,1,2])] = ... 获得。

移除了弃用的 radon 函数

弃用于 scipy 0.11.0 版本的 misc.radon 函数已被移除。用户可以在 scikit-image 中找到更全面的 radon 函数。

stats.distributions 中移除了已弃用的关键词 xaxb

自 0.11.0 版本起弃用的关键词 xaxb 已从 scipy.stats 的分布中移除。

MATLAB 文件读取器/写入器的更改

在保存到 MATLAB 5 格式文件时,NumPy 中的 1D 数组现在变成了行向量(形状为 1, N),之前保存为列向量(N, 1)。这是为了统一写入 MATLAB 4 和 5 格式的行为,并适应 NumPy 和 MATLAB 的默认行为 - 例如,np.atleast_2d 返回的 1D 数组会作为行向量。

尝试将大于 2 维的数组保存为 MATLAB 4 格式现在会引发错误,而不是悄悄地重新调整数组为 2D。

scipy.io.loadmat('afile') 以前会在 Python 系统路径 (sys.path) 中查找 afile;现在 loadmat 只会在当前目录中查找相对路径文件名。

其他更改

安全修复:scipy.weave 在特定情况下以不安全的方式使用临时目录,已修复。

现在构建 未发布 版本的 scipy 需要 Cython。从 Cython 源生成的 C 文件不再包含在 git 仓库中,但仍然会在源发布中提供。

代码基础进行了相当大的 PEP8 清理。新增了 tox pep8 命令;新代码应通过此测试命令。

Scipy 现在无法使用 gfortran 4.1 编译(至少在 RH5 上),可能是由于该编译器版本对条目构造的支持不佳。

作者

本发布包含以下人员的工作(至少贡献了一个补丁)按字母顺序排列:

  • Jorge Cañardo Alastuey +

  • Tom Aldcroft +

  • Max Bolingbroke +

  • Joseph Jon Booker +

  • François Boulogne

  • Matthew Brett

  • Christian Brodbeck +

  • Per Brodtkorb +

  • Christian Brueffer +

  • Lars Buitinck

  • Evgeni Burovski +

  • Tim Cera

  • Lawrence Chan +

  • David Cournapeau

  • Dražen Lučanin +

  • Alexander J. Dunlap +

  • endolith

  • André Gaul +

  • Christoph Gohlke

  • Ralf Gommers

  • Alex Griffing +

  • Blake Griffith +

  • Charles Harris

  • Bob Helmbold +

  • Andreas Hilboll

  • Kat Huang +

  • Oleksandr (Sasha) Huziy +

  • Gert-Ludwig Ingold +

  • Thouis (Ray) Jones

  • Juan Luis Cano Rodríguez +

  • Robert Kern

  • Andreas Kloeckner +

  • Sytse Knypstra +

  • Gustav Larsson +

  • Denis Laxalde

  • Christopher Lee

  • Tim Leslie

  • Wendy Liu +

  • Clemens Novak +

  • Takuya Oshima +

  • Josef Perktold

  • Illia Polosukhin +

  • Przemek Porebski +

  • Steve Richardson +

  • Branden Rolston +

  • Skipper Seabold

  • Fazlul Shahriar

  • Leo Singer +

  • Rohit Sivaprasad +

  • Daniel B. Smith +

  • Julian Taylor

  • Louis Thibault +

  • Tomas Tomecek +

  • John Travers

  • Richard Tsai +

  • Jacob Vanderplas

  • Patrick Varilly

  • Pauli Virtanen

  • Stefan van der Walt

  • Warren Weckesser

  • Pedro Werneck +

  • Nils Werner +

  • Michael Wimmer +

  • Nathan Woods +

  • Tony S. Yu +

共有 65 人为此版本做出贡献。名字旁边带有“+”符号的人员是首次贡献补丁的。