前段时间清理磁盘时，我删除了占用空间较大的 ColabFold。近期需要重新进行预测测试，在更新安装包并 Review 源码时，发现社区进行了一项重大更新：安装工具已全面替换为 pixi。
一、安装 Pixi
pixi 是一个基于 Rust 开发的、快速且现代化的可复现包管理工具。
1. 官方通用安装
可以通过以下命令直接安装：
Bash
curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | sh
2. Nix 用户安装
如果你和我一样使用的是 Nix 操作系统或 Nix 包管理器，安装命令如下：
Bash
nix-env -iA nixpkgs.pixi
# 或者使用较新的 flakes 命令
nix profile install nixpkgs#pixi
二、安装 LocalColabFold
首先，使用 git 将仓库克隆到本地：
Bash
# 如果是首次安装
git clone https://github.com/YoshitakaMo/localcolabfold.git
cd localcolabfold
如果本地已经存在旧代码，请执行更新：
Bash
cd localcolabfold
git pull
1. 执行 Pixi 环境配置
代码拉取完成后，执行以下命令进行自动化安装。你会发现 pixi 的解析速度非常快，它会自动处理所有依赖关系：
Bash
pixi install
pixi run setup
安装完成后，所有的依赖环境都会被隔离在当前目录下的 .pixi/envs/default/ 路径中。
三、运行 ColabFold
安装完成后，可以通过以下两种方式运行测试：
方法 1：手动添加路径到 PATH
将生成的二进制目录添加到系统路径中。这种方式适合习惯直接调用命令的用户：
Bash
export PATH=`pwd`/.pixi/envs/default/bin:$PATH
colabfold_batch --help
提示： 仓库内的
run_colabfoldbatch_sample.sh脚本已经写好了基础逻辑，你只需根据实际路径稍作修改即可执行测试。
方法 2：使用 pixi run（推荐）
这是 pixi 最核心的用法，无需手动修改环境变量，直接在隔离环境中运行：
Bash
pixi run colabfold_batch [输入文件路径] [输出目录]
四、总结
通过引入 pixi，LocalColabFold 的安装过程变得更加简洁和标准化。它不仅解决了以往 Conda 安装时的缓慢和环境冲突问题，还实现了真正意义上的“开箱即用”。
