导读： 以雷达图展示感兴趣基因的表达和差异情况，外圈是基因名和log2fc，内圈是两组的表达值，令人耳目一新。
《International Journal of Molecular Sciences*》 文章Transcriptome Analysis Reveals the Effect of Stocking Density on Energy Metabolism in the Gills of Cherax quadricarinatus under Rice-Crayfish Co-Culture. Fig 2D以雷达图展示了top20差异基因的表达和差异情况。以12点方向的Uingene0002225为例，从外到内依次为：1)基因名Uingene0002225；2）两组间的差异倍数log2fc -13.40；3）点图，点的大小对应|log2fc|，点的颜色表示上下调；4）LD组的表达值10.81；HD组的表达值0.00；5）雷达图的高低表示表达值的大小。白色内圈是图例。该图可以用于多种组学的结果展示，例如：转录组，表观组，代谢组等
注意： 该图有点小bug，表达值为0的基因不是落在白色内圈最外围，也有部分颜色。微生信网站没有这个问题。
1 ， 打开作图URL
www.bioinformatics.com.cn/plot_gene_e…
图2.绘图页面
2 ，示例数据
点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。
图3. 示例数据
示例数据包括4列。
第1列是基因名
第2列是groupA的表达值
第3列是groupB的表达值
第4列是log2fc值
注： 这里的log2fc值不一定正好等于log2(groupA/groupB)。以表达谱为例，表达值可能是TPM，而log2fc可能是DESeq2计算出来的。不影响数据展示。
3 ，输入检查
示例数据： 点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。
真实数据： 数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。
图4. 载入数据，输入检查
然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。
图5.输入检查结果.
注： 输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。
4 ，选择参数
图6.绘图参数
图片大小
由于是圆形，所以图片的宽度和高度一样
颜色
设置了两组的颜色，注意：由于颜色叠加，图中会出现第三种混合色，所以这里尽量选择同一色系，例如：深蓝和蓝色。表达值的文字颜色对应分组的颜色。
设置了up的颜色和down的颜色
高度和范围
白色内圈高度的高度：占雷达图的百分比，50就是占一半，数值越大，则白色内圈越大。
雷达图最大值：用来控制多边形距离最外圈的高度，如果表达值最大值是100，留空则使用最大值的1.1倍作为最高点的值；若设置了最大值是200，则雷达点的最大值就在1/2处
基因名位置：基因名距离圆心的距离，请在径向或水平展示基因名时增大该值，以给基因留出足够空间
表达值图例标题：分组的说明文字，默认是Group
字体大小
分别设置了基因名的字体大小，log2fc的字体大小，表达值的字体大小，图例的标题和文字字体大小（注意：它们的scale是不一样的）
基因和log2fc的颜色
设置了基因和log2fc的颜色选择，默认是黑色，若选择了跟随log2fc点的颜色，则文本颜色跟随点的颜色。
基因名展示方式
提供了3种基因名展示方式，包括：切向（切线方向）；径向（指向圆心），水平方向。在使用径向水平方向展示基因名的时候，请增加基因名位置的数值。
字体
设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改
5 ，提交出图
检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上显示雷达图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。
图7.预览图
请使用Acrobat Illustrator，inkscape等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字、图像元素位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。
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