上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的比对到参考基因组部分，接下来就是基因表达定量了。计算表达定量可以用StringTie、Htseq-cout、featureCounts，这里推荐使用featureCounts。
featureCounts 是Rsubread 软件包里的一个命令，所以安装R版本Rsubread的即可。这里使用了一个脚本，在运行featureCounts 的同时，计算FPKM、TPM。
安装相关的R包
featureCounts.R
脚本用法:输入：bam文件，gtf文件
结果输出：count结尾的表达定量文件
log结尾的日志文件
想要脚本请联系小编~
