1、PILER-CR简介
（1）功能
鉴定古细菌和细菌基因组中的CRISPR序列
（2）特定
鉴定速度快，灵敏度高，特异性好，使用简单
2、CRISPR介绍
（1）CRISPR：clustered regularly interspaced palindromic repeats（规律间隔成簇短回文序列）
（2）结构：
CRISPR基因【前导链（leader）+不连续的重复序列（repeats）+长度相似的间隔序列（spacers）】+CRISPR相关蛋白基因（Cas）
（3）定义
leader：富含AT碱基，位于CRISPR基因上游，被认为是CRISPR序列的启动子
repeats：分隔作用，21-40bp，可形成发夹结构
spacers：入侵的病毒序列，20-50bp
3、CRISPR抵御病毒机制
适应阶段：入侵的病毒DNA被Cas蛋白识别并片段化，然后加入CRISPR的spacers区，存储在基因组中
表达和干扰阶段：当病毒再次入侵，spacers区存储的信息发挥作用，与之相同的外源序列被识别捕获，通过有核酸酶活性的Cas蛋白复合物清楚病毒DNA
4、PILER-CR安装
（1）conda安装
创建隔离环境
conda create -n pilercr
激活环境
conda activate pilercr
安装PILER-CR
conda install -c bioconda piler-cr
验证安装
pilercr -h
关闭环境
conda deactivate
（2）NMDC云平台
nmdc.cn
5、输入文件
（1）fasta格式序列
（2）单菌基因组序列
（3）元基因组组装序列
6、PILER-CR运行
pilercr -in <输入序列文件> -out <输出结果文件>
7、查看帮助
pilercr -options
8、PILER-CR参数
-miniarray CRISPR必须包含的最小重复数，默认值3
-minrepeat CRISPR重复序列的最小长度（bp），默认值16
-maxrepeat CRISPR重复序列的最大长度（bp），默认值64
-minspacer CRISPR间隔区的最小长度（bp），默认值8
-maxspacer CRISPR间隔区的最大长度（bp），默认值64
9、示例
conda activate pilercr
pilercr -in my_genome.fasta -minarray 5 -minrepeat 20 -out crispr_report.txt
内容学习来源：
[1]nmdc.cn/SProject/vi…
[2]mp.weixin.qq.com/s/DcIdCn4F2…
[3]www.siit.org.cn/content/xia…
