PopLDdecay安装步骤

软件介绍

PopLDdecay
PopLDdecay: a fast and effective tool for linkage disequilibrium decay analysis based on variant call format files

地址 github.com/BGI-shenzhe…

✅ PopLDdecay 安装步骤总结

📦 1. 安装依赖（如未安装）

sudo apt update
sudo apt install g++ make autoconf automake libtool zlib1g-dev

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🧬 2. 克隆源码

cd ~/tools
git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git
cd PopLDdecay

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🔧 3. 生成构建文件（如提示缺失则执行）

autoreconf -i

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⚙️ 4. 配置安装路径

./configure --prefix="$HOME/tools/PopLDdecay_bin"

--prefix 用于指定安装目录

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🔨 5. 编译程序

make -j$(nproc)

使用所有 CPU 核心并行编译，加快速度

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📥 6. 安装程序

make install

程序将被安装到：~/tools/PopLDdecay_bin/bin/

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🧪 7. 运行测试

~/tools/PopLDdecay_bin/bin/PopLDdecay -h

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🚀 8. 可选：加入 PATH 环境变量

echo 'export PATH=$HOME/tools/PopLDdecay_bin/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

之后你就可以直接运行：

PopLDdecay -h

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如需运行示例数据或使用说明，可以参考项目中的文档文件：

README.md
Manual.pdf

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