gromacs显卡支持启用gromacs显卡支持启用 cuda12.2 gromacs2024 独立文件夹安装非管理员

安装cmake和开发库和fftw

# 安装 GCC 11
sudo apt install gcc-11 g++-11

# 注册选择器
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-13 130
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-11 110

sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-13 130
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-11 110
# 选择合适版本
sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config g++


apt-get install cmake build-essential


cd ~/software # 进入上一步建立的software目录
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz # 利用wget获取安装包
tar -xzvf fftw-3.3.8.tar.gz # 解压
cd fftw-3.3.8 ## 进入fftw目录
./configure --prefix=/usr/local/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared --enable-avx2 # 设置编译安装路径
make install -j #开始编译

export PATH=$PATH:/usr/local/fftw338/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw338/lib
# 配置
加入到~/.bashrc

1. 下载并解压 GROMACS 2024

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2024.tar.gz
tar xfz gromacs-2024.tar.gz
cd gromacs-2024
mkdir build && cd build

2025

wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz
tar xfz gromacs-2025.2.tar.gz
cd gromacs-2025.2

2025必须手动下载cmake新版本

wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v4.0.3/cmake-4.0.3-linux-x86_64.tar.gz
tar xfz cmake-4.0.3-linux-x86_64.tar.gz
# 位置
~/cmake-4.0.3-linux-x86_64/bin/cmake -h

2. 创建构建目录

mkdir build && cd build

3. 创建运行目录（可自定义）

export GMX_INSTALL_DIR=~/gromacs2024GPU
mkdir -p $GMX_INSTALL_DIR

4. 确保 CUDA 版本正确

nvcc --version  # 检查 CUDA 版本

5. 配置 CMake，启用 CUDA 支持

先写下不指定cuda的纯cpu DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD 是开启官方示例下载

cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/目标位置

2025.2很奇怪又要指定显卡架构很莫名其妙

sudo /home/rainsc/cmake-4.0.3-linux-x86_64/bin/cmake .. \
    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
    -DGMX_GPU=CUDA \
    -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
    -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \
    -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda/include \
    -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda/lib64 \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 \
    -DCMAKE_CUDA_ARCHITECTURES=61 \
    -DCMAKE_CUDA_COMPILER=/usr/local/cuda/bin/nvcc

下面指定的cuda需要和已安装或者已有的cuda版本相同位置相同不然会报错

cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=CUDA \
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.2 \
  -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda-12.2/include \
  -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda-12.2/lib64 \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMX_INSTALL_DIR

cuda不对会提示

CMake Error at /usr/share/cmake-3.22/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:230 (message):
  Could NOT find CUDA (missing: CUDA_NVCC_EXECUTABLE CUDA_INCLUDE_DIRS
  CUDA_CUDART_LIBRARY) (Required is at least version "11.0")
Call Stack (most recent call first):
  /usr/share/cmake-3.22/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:594 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)
  /usr/share/cmake-3.22/Modules/FindCUDA.cmake:1264 (find_package_handle_standard_args)
  cmake/gmxManageCuda.cmake:45 (find_package)
  CMakeLists.txt:699 (include)

# 3070 最新cuda
# 这里有点莫名奇妙  硬要加环境变量
export CUDACXX=/usr/local/cuda/bin/nvcc
# 加了环境变量就能跑出来了
cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=CUDA \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \
  -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda/include \
  -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda/lib64 \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2024

# 3090
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-12.4
export PATH=$CUDA_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_HOME/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=CUDA \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.4 \
  -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda-12.4/include \
  -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda-12.4/lib64/libcudart.so \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2024

# # 1080ti 12.9
# 这里有点莫名奇妙  硬要加环境变量
export CUDACXX=/usr/local/cuda-12.9/bin/nvcc
# 加了环境变量就能跑出来了
cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=CUDA \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.9 \
  -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda-12.9/include \
  -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda-12.9/lib64 \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025

6. 编译并安装

make -j           # 使用所有可用核心加速编译
make check        # 运行测试，确保正确编译
make install      # 安装到指定目录

7. 设置环境变量（添加到 ~/.bashrc）

echo "source $GMX_INSTALL_DIR/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

8. 验证安装是否成功

gmx -version

问题

cuda版本问题导致的报错一般是指定的不详细或者有多个版本还有一个比较讨厌的问题在线安装nvcc之后会发现nvcc没出来需要修改 /etc/profile 最后一行加上nvcc的路径 export PATH=/usr/local/cuda-12.8/bin:$PATH 这个问题同样会报错驱动问题

CMake Error at cmake/gmxManageCuda.cmake:116 (enable_language): No CMAKE_CUDA_COMPILER could be found. Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment variable "CUDACXX" or the CMake cache entry CMAKE_CUDA_COMPILER to the full path to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH. Call Stack (most recent call first): CMakeLists.txt:699 (include) -- Configuring incomplete, errors occurred!
c和c++版本不一致

make check CMake Warning at cmake/gmxTestCompilerProblems.cmake:45 (message): 
The versions of the C and C++ compilers do not match (12.3.0 and 11.4.0, 
respectively). Mixing different C/C++ compilers can cause problems. 
Call Stack (most recent call first): CMakeLists.txt:446 (gmx_test_compiler_problems)

查看版本

gcc --version
g++ --version

切换版本

这个错误提示说明 g++ 是 gcc 的从属项（slave），因此不能直接用 update-alternatives 来作为主选项进行配置。

步骤 1：为 `gcc` 配置替代项

首先，确保 gcc 和 g++ 版本一致。你需要为 gcc 设置 update-alternatives。

设置 gcc 和 g++ 版本 12 为默认：

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-12 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-12 100

步骤 2：检查是否切换成功

你可以通过 update-alternatives 手动切换默认的编译器：

手动配置 gcc 和 g++：

sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config g++

然后检查它们的版本，确保它们指向相同的版本：
```
gcc --version
g++ --version
```

完成后，gcc 和 g++ 应该会使用相同的版本，你就可以重新运行 make check 看问题是否解决。

参考: [1]使用conda安装Amber和Gromacs - 知乎 [2]官方文档 manual.gromacs.org/current/ins…

gromacs显卡支持启用