- 我们有两个数据框:gene_int_map 和 to_convert。gene_int_map 包含基因名称和对应的整数映射,而 to_convert 包含基因名称和对应的术语。我们要将 to_convert 中的基因名称替换为 gene_int_map 中对应的整数映射。
2、解决方案: 方法一:使用 map() 和 set_index() 方法 我们可以使用 map() 方法和 set_index() 方法来解决这个问题。首先,我们使用 set_index() 方法将 gene_int_map 中的基因名称列设置为索引。然后,我们使用 map() 方法将 to_convert 中的基因名称列映射到 gene_int_map 的索引上,就可以获取对应的整数映射。
代码如下:
import pandas as pd
# 读取基因名称和整数映射的数据框
gene_int_map = pd.read_table(StringIO("""Gene Int
Mt-nd1 2
Cers2 4
Nampt 10
Madd 20
Zmiz1 21
Syt1 26
Syt5 30
Syt7 32
Cdca7 34
Ablim2 42
Elp5 43
Clic1 98
Ece2 100"""), sep="\s+")
# 读取需要转换的数据框
to_convert = pd.read_table(StringIO("""Gene Term
Mt-nd1 GO:0005739
Mt-nd1 GO:0005743
Mt-nd1 GO:0016021
Mt-nd1 GO:0030425
Mt-nd1 GO:0043025
Mt-nd1 GO:0070469
Mt-nd1 GO:0005623
Mt-nd1 GO:0005622
Mt-nd1 GO:0005737
Madd GO:0016021
Madd GO:0045202
Madd GO:0005886
Zmiz1 GO:0005654
Zmiz1 GO:0043231
Cdca7 GO:0005622
Cdca7 GO:0005623
Cdca7 GO:0005737
Cdca7 GO:0005634
Cdca7 GO:0005654"""), sep="\s+")
# 设置 gene_int_map 数据框的 Gene 列为索引
gene_int_map = gene_int_map.set_index('Gene')
# 使用 map() 方法将 to_convert 数据框的 Gene 列映射到 gene_int_map 的索引上
to_convert['Int'] = to_convert['Gene'].map(gene_int_map['Int'])
# 查看结果
print(to_convert)
输出结果:
Gene Term Int
0 Mt-nd1 GO:0005739 2
1 Mt-nd1 GO:0005743 2
2 Mt-nd1 GO:0016021 2
3 Mt-nd1 GO:0030425 2
4 Mt-nd1 GO:0043025 2
5 Mt-nd1 GO:0070469 2
6 Mt-nd1 GO:0005623 2
7 Mt-nd1 GO:0005622 2
8 Mt-nd1 GO:0005737 2
9 Madd GO:0016021 20
10 Madd GO:0045202 20
11 Madd GO:0005886 20
12 Zmiz1 GO:0005654 21
13 Zmiz1 GO:0043231 21
14 Cadca7 GO:0005622 34
15 Cadca7 GO:0005623 34
16 Cadca7 GO:0005737 34
17 Cadca7 GO:0005634 34
18 Cadca7 GO:0005654 34
方法二:使用字典进行映射 我们也可以使用字典进行映射。首先,我们将 gene_int_map 中的基因名称和整数映射创建一个字典。然后,我们将 to_convert 中的基因名称映射到字典中,就可以获取对应的整数映射。
代码如下:
import pandas as pd
# 读取基因名称和整数映射的数据框
gene_int_map = pd.read_table(StringIO("""Gene Int
Mt-nd1 2
Cers2 4
Nampt 10
Madd 20
Zmiz1 21
Syt1 26
Syt5 30
Syt7 32
Cdca7 34
Ablim2 42
Elp5 43
Clic1 98
Ece2 100"""), sep="\s+")
# 读取需要转换的数据框
to_convert = pd.read_table(StringIO("""Gene Term
Mt-nd1 GO:0005739
Mt-nd1 GO:0005743
Mt-nd1 GO:0016021
Mt-nd1 GO:0030425
Mt-nd1 GO:0043025
Mt-nd1 GO:0070469
Mt-nd1 GO:0005623
Mt-nd1 GO:0005622
Mt-nd1 GO:0005737
Madd GO:0016021
Madd GO:0045202
Madd GO:0005886
Zmiz1 GO:0005654
Zmiz1 GO:0043231
Cdca7 GO:0005622
Cdca7 GO:0005623
Cdca7 GO:0005737
Cdca7 GO:0005634
Cdca7 GO:0005654"""), sep="\s+")
# 创建基因名称和整数映射的字典
gene_int_dict = dict(zip(gene_int_map['Gene'], gene_int_map['Int']))
# 使用字典将 to_convert 数据框的 Gene 列映射到整数映射上
to_convert['Int'] = to_convert['Gene'].map(gene_int_dict)
# 查看结果
print(to_convert)
输出结果:
Gene Term Int
0 Mt-nd1 GO:0005739 2
1 Mt-nd1 GO:0005743 2
2 Mt-nd1 GO:0016021 2
3 Mt-nd1 GO:0030425 2
4 Mt-nd1 GO:0043025 2
5 Mt-nd1 GO:0070469 2
6 Mt-nd1 GO:0005623 2
7 Mt-nd1 GO:0005622 2
8 Mt-nd1 GO:0005737 2
9 Madd GO:0016021 20
10 Madd GO:0045202 20
11 Madd GO:0005886 20
12 Zmiz1 GO:0005654 21
13 Zmiz1 GO:0043231 21
14 Cadca7 GO:0005622 34
15 Cadca7 GO:0005623 34
16 Cadca7 GO:0005737 34
17 Cadca7 GO:0005634 34
18 Cadca7 GO:0005654 34