DNA序列编辑距离

41 阅读3分钟

小R正在研究DNA序列,他需要一个函数来计算将一个受损DNA序列(dna1)转换成一个未受损序列(dna2)所需的最少编辑步骤。编辑步骤包括:增加一个碱基、删除一个碱基或替换一个碱基。


测试样例

样例1:

输入:dna1 = "AGT",dna2 = "AGCT"
输出:1

样例2:

输入:dna1 = "AACCGGTT",dna2 = "AACCTTGG"
输出:4

样例3:

输入:dna1 = "ACGT",dna2 = "TGC"
输出:3

样例4:

输入:dna1 = "A",dna2 = "T"
输出:1

样例5:

输入:dna1 = "GGGG",dna2 = "TTTT"
输出:4

Java

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public class Main {

    public static int solution(String dna1, String dna2) {

        int m = dna1.length();

        int n = dna2.length();

        

        // 创建一个二维数组 dp

        int[][] dp = new int[m + 1][n + 1];

        

        // 初始化 dp 数组

        for (int i = 0; i <= m; i++) {

            dp[i][0] = i;

        }

        for (int j = 0; j <= n; j++) {

            dp[0][j] = j;

        }

        

        // 填充 dp 数组

        for (int i = 1; i <= m; i++) {

            for (int j = 1; j <= n; j++) {

                if (dna1.charAt(i - 1) == dna2.charAt(j - 1)) {

                    dp[i][j] = dp[i - 1][j - 1];

                } else {

                    dp[i][j] = Math.min(dp[i - 1][j - 1], Math.min(dp[i - 1][j], dp[i][j - 1])) + 1;

                }

            }

        }

MarsCode AI

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好的,我们可以使用动态规划来解决这个问题。动态规划可以帮助我们找到从 dna1 到 dna2 的最小操作步骤数。

解题思路

  1. 定义状态:我们可以使用一个二维数组 dp,其中 dp[i][j] 表示将 dna1 的前 i 个字符转换为 dna2 的前 j 个字符所需的最小操作步骤数。

  2. 初始化

    • dp[0][j] 表示将空字符串转换为 dna2 的前 j 个字符,显然需要 j 次插入操作。
    • dp[i][0] 表示将 dna1 的前 i 个字符转换为空字符串,显然需要 i 次删除操作。
  3. 状态转移

    • 如果 dna1[i-1] == dna2[j-1],则 dp[i][j] = dp[i-1][j-1],因为不需要任何操作。

    • 否则,dp[i][j] 可以通过以下三种操作之一得到:

      • 插入:dp[i][j-1] + 1
      • 删除:dp[i-1][j] + 1
      • 替换:dp[i-1][j-1] + 1
    • 取这三种操作中的最小值。

代码提示

java

public class Main {

    public static int 

    solution(String dna1, 

    String dna2) {

        int m = dna1.

        length();

        int n = dna2.

        length();

        

        // 创建一个二维数组 

        dp

        int[][] dp = new 

        int[m + 1][n + 1];

        

        // 初始化 dp 数组

        for (int i = 0; i 

        <= m; i++) {

            dp[i][0] = i;

        }

        for (int j = 0; j 

        <= n; j++) {

            dp[0][j] = j;

        }

        

        // 填充 dp 数组

        for (int i = 1; i 

        <= m; i++) {

            for (int j = 

            1; j <= n; j

            ++) {

                if (dna1.

                charAt(i 

                - 1) == 

                dna2.

                charAt(j 

                - 1)) {

                    dp[i]

                    [j] = 

                    dp[i 

                    - 1]

                    [j - 

                    1];

                } else {

                    dp[i]

                    [j] = 

                    Math.

                    min(dp

                    [i - 

                    1][j 

                    - 1], 

                    Math.

                    min(dp

                    [i - 

                    1]

                    [j], 

                    dp[i]

                    [j - 

                    1])) 

                    + 1;

                }

            }

        }

        

        // 返回最终结果

        return dp[m][n];

    }

    public static void 

    main(String[] args) {

        // 你可以添加更多测试

        用例

        System.out.println

        (solution

        ("AGCTTAGC", 

        "AGCTAGCT") == 2);

        System.out.println

        (solution

        ("AGCCGAGC", 

        "GCTAGCT") == 4);

    }

}

关键步骤解释

  1. 初始化dp[i][0] 和 dp[0][j] 的初始化是为了处理边界情况。
  2. 状态转移:通过比较 dna1 和 dna2 的当前字符,决定是否需要进行插入、删除或替换操作,并取最小值。
  3. 返回结果:最终结果存储在 dp[m][n] 中,表示将 dna1 转换为 dna2 所需的最小操作步骤数。

你可以根据这个框架继续完善代码,或者根据需要进行调整。

动态规划算法如何应用在这个问题中?

给我一些代码提示

帮我检查一下编辑区的代码