问题描述
小C正在研究一种环状的 DNA 结构,它由四种碱基A、C、G、T构成。这种环状结构的特点是可以从任何位置开始读取序列,因此一个长度为 n 的碱基序列可以有 n 种不同的表示方式。小C的任务是从这些表示中找到字典序最小的序列,即该序列的“最小表示”。
例如:碱基序列 ATCA 从不同位置读取可能的表示有 ATCA, TCAA, CAAT, AATC,其中 AATC 是字典序最小的表示。
测试样例
样例1:
输入:
dna_sequence = "ATCA"
输出:'AATC'
样例2:
输入:
dna_sequence = "CGAGTC"
输出:'AGTCCG'
样例3:
输入:
dna_sequence = "TTGAC"
输出:'ACTTG'
方法解析
环状 DNA 的特点是从任何位置开始读取都能生成一个新的序列。因此,直接暴力生成所有表示并排序会非常耗时。而双倍字符串法利用了循环结构的特点,高效找到字典序最小的起始点。
详细步骤
1. 双倍字符串的生成
将 DNA 序列拼接成两个相同序列的连续字符串(即 dna_sequence + dna_sequence)。
这样可以模拟环状结构的所有表示,而无需实际处理循环。
将 DNA 序列拼接到自身后,比如序列 ATCA 变成 ATCAATCA。
- 拼接后的字符串可以直接模拟环状读取,因为从任何起点开始读取
n长度子串,都可以被视为环状的一个表示。
2. 初始化最小位置
设置 min_start = 0,表示当前最小字典序子串的起始位置。
3. 遍历每个起点
从 1 到 n-1 遍历每个可能的起始点,生成长度为 n 的子串,并与当前最小子串进行比较:
- 如果新子串的字典序小于当前最小子串,则更新
min_start。
-
字典序比较:
- 在双倍字符串中,依次找到每个可能的子串,并比较字典序。
- 保留字典序最小的子串,即为答案。
-
输出结果:
- 返回找到的最小子串作为 DNA 序列的最小表示。
Python 实现
时间复杂度
- 遍历每个起点:
O(n)次,因为在最坏情况下,需要比较n次,每次比较的时间为O(n)。- 总时间复杂度为
O(n^2)。
- 总时间复杂度为
- 空间复杂度: 双倍字符串占用
O(2n),最终结果为O(n)。