手动安装 cLoops2 及其依赖的步骤指南

项目 https://github.com/YaqiangCao/cLoops2 常规步骤git clone 下来 按照readme安装发现不行 作者打包的conda环境存在问题

以下是手动解决 cLoops2 依赖问题的最终步骤：

1. 新建并激活环境 创建一个基础的环境并激活它：

   mamba create -n cLoops2 
   mamba activate cLoops2
   

2. 安装缺失的依赖包 使用 pip 安装所需的依赖包：(不考虑版本问题)

   pip install tqdm numpy scipy pandas scikit-learn seaborn pyBigWig matplotlib joblib networkx
   

3. 安装 cLoops2 在项目目录中使用以下命令进行安装：

   pip install -e .
   

   这个命令会根据当前目录下的 setup.py 文件安装该项目，并以“可编辑”模式安装。

4. 验证安装 检查是否成功安装：

   python -c "import cLoops2"
   

最终结果

$ cLoops2
An enhanced, accurate and flexible peak/domain/loop-calling and analysis tool
for 3D genomic interaction data.

Use cLoops2 sub-command -h to see detail options and examples for sub-commands.
Available sub-commands are:
...