R包安装

常见安装方法

1. CRAN仓库直接安装

默认的安装方法，大部分CRAN的包都可以完美安装。

install.packages("包名")

2. 包位置安装

指定压缩包的位置，最常用的方法。常见于Bioconductor包，因为网络问题可能导致无法流畅下载安装，此时可以下载包并使用本地的方式进行安装。

install.packages("包位置", repos = NULL, type = "source")

3. 版本指定安装

使用remotes::install_version()指定包的版本。repos通常是仓库的路径。

remotes::install_version("包名", version = "版本号", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

这两个默认的都是装1.6 此方法也同样用于提示R版本不匹配

install.packages('MigClim')

remotes::install_version("MigClim")

这个才是最新版

install.packages("https://cloud.r-project.org/src/contrib/Archive/MigClim/MigClim_1.6.2.tar.gz")

4. Bioconductor管理器安装

使用Bioconductor管理器进行安装。

BiocManager::install("包名")

5. 源码包安装

如果你下载了包的源码（例如通过git clone），可以用如下方式安装。.表示当前已经进入了R包源码目录。

install.packages(".", repos = NULL, type = "source")

6. devtools方式安装

使用devtools包来安装GitHub上的包。

library(devtools)
devtools::install_github("仓库名/项目名", dependencies = TRUE)

补充其他姿势

devtools::install_git("任意git开头的链接")

---

万能方式： 第3种方法（包位置安装）支持任意位置和任何形式（源码或压缩包）。如果你还没有安装remotes包，可以按如下方式安装并使用：

# 如果你还没有安装 remotes
install.packages("remotes")  
library(remotes)

---

这个格式使用了清晰的标题、列表和代码块，便于快速查找和理解不同的安装方式。 奇怪的包收集

install.packages("INLA",repos=c(getOption("repos"),INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)

install.packages("BAPC", repos="http://R-Forge.R-project.org")

install.packages("fmesher", repos = c(getOption("repos"), INLA = "https://inla.r-inla-download.org/R/stable"))

install.packages("Epi")
install.packages("fanplot")

问题处理

1.       Error:  
         ! `nei()` was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct.  
         ℹ Please use `.nei()` instead.  
         Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
   

   Monocle3 在使用 orderCells() 时，其内部调用的 igraph::nei() 函数在 igraph >= 2.1.0 中被废弃（defunct），因此你需要把 igraph 降级到一个旧版本以解决这个兼容问题。

根据 Monocle3 团队和用户的反馈：

• 报错出现在 igraph 2.1.1 中，使用 igraph < 2.1.0 可以避免这个错误 github.com+1github.com+1rdrr.io+3cole-trapnell-lab.github.io+3github.com+3。

• 通常推荐降级到 igraph 2.0.x

  解决方案

  install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/igraph_2.0.3.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
  

remotes::install_github("RajLabMSSM/echolocatoR")

这个包非常诡异 直接把git的免费api刷光了 不得不创建私有key进行安装

在R中 生成token链接 usethis::create_github_token() 提示opening url部分复制到浏览器打开 登录github授权

• 根据需要选择权限，建议选择以下选项：

  • repo（访问私有仓库）
  • read:org（如果需要访问组织信息）

• 点击 Generate token 生成 Token，并复制保存。 指令设置key

Sys.setenv(GITHUB_PAT ="")