1、准备工作:
License下载链接:www.sentieon.com/eula/b703e8… 软件下载地址: insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/re… 测试数据Quick_start: sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sent…
2、检查License是否可用:
<SENTIEON_DIR>为软件sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解压地址; <LICENSE_FILE>为License下载后解压地址。 根据以上下载解压后使用如下命令启动License server: <SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE> 在当前目录下生成licsrvr.log,检查日志文件是否有错误,无误后进行下一步。
3、修改主脚本sentieon_quickstart.sh
软件路径修改:SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR> 内存分配修改:export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2> <libjemalloc.so.2>是一个内存分配器,在不同的Linux系统中有不同的位置,在进行修改前可进入目录查看是否存在,若不存在,需要进行安装jemalloc,对于不同的操作系统,不同的安装命令如下:
•RHEL/CentOS 8.x:
yum install epel-release yum install jemalloc
默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2 •RHEL/CentOS 7.x:
yum install epel-release yum install jemalloc
默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1 •Ubuntu 20.04 & 22.04:
apt update apt install libjemalloc2
默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2 •Ubuntu 18.04:
apt update apt install libjemalloc1
默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1 若对于没有预构建软件包的其他系统,请参考jemalloc GitHub页面 (github.com/jemalloc/je…) 以获取有关如何构建和安装jemalloc的更多信息。
为方便使用,可在环境变量中在加载jemalloc库到Sentieon中:
###永久添加 vi ~/.bashrc #进入环境变量 export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加环境变量代码,具体路径可根据相应位置修改,保存后退出 source ~/.bashrc
以上需要对Linux较为熟悉,如后续报错可自行修改。 否则建议在主脚本sentieon_quickstart.sh中,添加以下命令; 例如,在CentOS 8.x系统上,在运行Sentieon工具之前,您可以使用以下命令设置环境变量:
vi sentieon_quickstart.sh ##编辑脚本 export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改对应位置的路径,保存后退出
4、运行sentieon_quickstart.sh
nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log,结果文件全在result目录下。