非靶向蛋白质组学旨在全面地分析生物样品中的所有蛋白质，而不是关注特定的蛋白质，有助于研究蛋白质组的复杂性和发现新的蛋白质标志物。蛋白质测序是确定蛋白质氨基酸序列的过程。它是生物学研究中的重要技术，用于了解蛋白质的结构和功能，以及研究与蛋白质相关的生物学过程。非靶向蛋白质测序则是一种全面性的蛋白质组学方法，旨在分析生物样本中的所有蛋白质，而不是有选择地测定特定的目标蛋白质。这种方法也称为全蛋白质组学（shotgun proteomics）。
非靶蛋白组学测序的特点
- 广泛的覆盖范围：尝试识别样品中所有可检测的蛋白质，而不仅限于特定的一组蛋白质。
- 发现导向：这种方法适用于探索性研究，其中研究目标不是验证特定假设，而是发现新的模式、连接或者蛋白质功能。
非靶蛋白组学测序的一般步骤包括：
1、样品制备：
从生物样本中提取蛋白质，并对其进行适当的处理，例如蛋白质降解、还原和烷化。
2、液相色谱质谱分析：
使用液相色谱质谱技术（LC-MS/MS）将蛋白质样品分离并进行质谱测定。这可以将样品中的蛋白质分为许多片段，这些片段可以用于鉴定和定量。
图1. 非靶向蛋白质组学
3、数据分析：
将质谱数据与数据库中已知的蛋白质序列比对，以鉴定样品中存在的蛋白质。此外，也可以使用未知蛋白质的分析方法来鉴定新的蛋白质。
4、定量分析：
通过质谱信号的强度来定量每个鉴定的蛋白质，以了解它们在样品中的相对丰度。
5、生物信息学分析：
将鉴定和定量的蛋白质与生物学功能、通路和代谢网络等相关信息进行关联，以获得更多关于样品的生物学见解。
应用领域
- 生物标志物的发现：在疾病诊断、药物治疗反应监测等领域，非靶蛋白组学可以用来发现新的生物标志物。
- 疾病机制研究：通过比较健康和疾病状态的组织或细胞的蛋白质组，可以帮助理解疾病的分子机制。
- 药物作用机理：探索药物处理对细胞蛋白质组的影响，揭示药物的分子靶点和作用机理。
- 系统生物学研究：在系统生物学中，非靶蛋白组学有助于构建细胞和组织的蛋白质网络，理解复杂的生物学过程。
