一、TMT (Tandem Mass Tag) 标记
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图1. 基于TMT的蛋白质组学服务工作流程
1、原理：
TMT是用于定量蛋白质组学的化学标记方法。来自不同样本的肽段会被不同的等同位素标签化学标记。这些标签设计得它们具有相同的质量，但在质谱仪中分解时会释放出不同的报告离子。通过比较这些报告离子的强度，可以确定肽段在不同样本中的相对丰度。
2、优点：
- 多路复用：可以同时分析多个样本，这可以节省时间并减少实验变异性。
- 由于使用了等同位素标签，增加了肽段识别的可靠性。
3、缺点：
- 与标记程序相关的复杂性和成本增加。
- 由于干扰物种的共同隔离，可能会产生比率压缩。
二、非标记（Label-Free）定量
->IMG:file.biotech-pack.com/upload/bt-b… Free定量蛋白组学服务流程
图2. Label Free定量蛋白组学服务流程
1、原理：
无标签定量依赖于比较不同运行中的肽段MS信号的强度或计数，以确定肽段的相对丰度，而不使用化学标签。
2、优点：
- 简单性：无需标记，从而减少了样品处理步骤和成本。
- 可以比较的样本数量没有限制，因为不需要多路复用标签。
3、缺点：
- 需要更严格地在运行之间进行标准化，以考虑到技术变异。
- 通常需要更多的重复实验来达到与标记方法相同的统计效果。
三、比较：
虽然TMT由于使用标签提供了多路复用的优势和可能增加的准确性，但无标签定量更为简单，通常也更为便宜。选择这些方法通常取决于研究的具体要求、可用资源和正在分析的样本数量。
