1. 使用ASE对分子创建cell
有时候会用需要给.xyz的分子创建一个CELL,可用以下命令: 并且这个命令可以覆盖上一个的cell.
from ase.io import read,write
s = read('molecule.xyz')
s.set_cell([length,length,lenth])
2. 进行原子（分子）的平移与旋转
a. 平移translate
#例如往z轴正方向平移3\AA
#定义
from ase import Atoms
translation_vector = [0,0,3]
molecule.translate(translation_vector)
b. 旋转rotate
from ase import Atoms
rotation_axis = [0,0,1] # 定义旋转轴位z轴
rotation_angle = 60 #定义旋转角度，正为逆时针，负位顺时针
molecule.rotate(rotation_axis, rotation_angle, rotate_cell=False)
3.快速获取Cell的信息
from ase import Atoms
parameter = system.cell #通过python列表工具可以获得每个CELL的向量与
4. 将储存在一个.xyz的所有结构生成gif文件
from ase.io import read,write
from ase.io.animation import *
structures = read('final_structures',** index=":")** # 使用":"将每个结构隔开 这个非常重要，不然生成不了动画
write_gif('s.gif',s,save_count=15,rotation="90x,0y,0z") #制作gif动画的命令
获得结构内每个原子的邻近原子数
例如我想起得graphene某个原子的邻近原子
from ase.build import graphene
from ase.neighborlist import NewPrimitiveNeighborList
from ase.neighborlist import natural_cutoffs
s=graphene('C2',a=2.47,vacuum=10,size=(3,3,1)) #构建graphene
cutoffs = natural_cutoffs(s) #获取S中每个原子的cutoff
nl = NewPrimitiveNeighborList(cutoffs，bothways=True) #设置nl器,bothways 计算双向原子
nl.update(s.pbc,s.get_cell(),s.positions) # 输入结构信息对nl器进行更新
#对S中每个原子进行循环，得到其临近个数
for i in range(len(s)):
indices, offset = nl.get_neighbor(i)
print(indices)
#此处indices表示对于索引为的个原子,与其相邻的原子索引的列表（包含自身）
