如何查看bed在外显子上的覆盖情况

243 阅读1分钟

查看bed在外显子上覆盖情况通常有两种:

  • 一种是以统计的结果展示,该bed文件覆盖了XX基因的多个外显子,有多少个外显子是全覆盖。
  • 另一种是通过 igv 可视化的查看 bed 的覆盖情况。

统计情况

根据是否与外显子重叠情况,可以统计如下表格

genetranscriptis_全覆盖覆盖情况全覆盖情况总外显子数
CBFBTransAtrueexon1,exon2exon210

IGV查看外显子覆盖情况

使用方法:

  • 下载 IGV 软件,自带人类的基因组
  • 拖到 bed 到 IGV 中,对齐 bed 和 reference,并在关注的区段的进行方法,点击查看详细情况

示例: IGV中很容易看到各个基因的详细覆盖情况

image.png