查看bed在外显子上覆盖情况通常有两种:
- 一种是以统计的结果展示,该bed文件覆盖了XX基因的多个外显子,有多少个外显子是全覆盖。
- 另一种是通过 igv 可视化的查看 bed 的覆盖情况。
统计情况
根据是否与外显子重叠情况,可以统计如下表格
| gene | transcript | is_全覆盖 | 覆盖情况 | 全覆盖情况 | 总外显子数 |
|---|---|---|---|---|---|
| CBFB | TransA | true | exon1,exon2 | exon2 | 10 |
IGV查看外显子覆盖情况
使用方法:
- 下载 IGV 软件,自带人类的基因组
- 拖到 bed 到 IGV 中,对齐 bed 和 reference,并在关注的区段的进行方法,点击查看详细情况
示例: IGV中很容易看到各个基因的详细覆盖情况