心脏移植排斥

Figure 1 AR患者和正常人的心脏病理染色。a AR 患者心脏组织的 HE 染色，正常人 （n = 3） 和 AR 患者 （n = 4） 心脏的 b CD3 染色。** c CD68染色对正常人（n = 4）和AR患者（n = 3）的心脏**进行染色。d 正常人（n = 3）和AR患者（n = 68）心脏中T细胞（CD4阳性）和巨噬细胞（CD3阳性）中PKM（丙酮酸激酶）的表达（p < 0.05，p < 0.01， p < 0.001） 作者这里直接就靶向到了巨噬细胞的糖代谢？？？

Figure 2主要是整体细胞的降维分类-总 从小鼠HTX模型中分离的46，040个单细胞概述。小鼠HTX模型中scRNA-seq的研究设计。b 46，060个免疫细胞的UMAP图，颜色编码为细胞类型。c 23种细胞类型的标记基因的基因表达热图。d 每个实验组的UMAP图，Ctrl，正常心脏;Iso，Iso移植物，Allo，同种异体移植物。e 每种细胞类型在三组中的百分比变化趋势。f 用于定义细胞类型的经典标记基因的表达。

Figure3 单核细胞/单核细胞的组间异质性。a 单核细胞/巨噬细胞的UMAP图，根据其组（上图）和细胞簇（下图）进行颜色编码。b 点阵热图，显示每个巨噬细胞簇中表达最高的标记基因。c 三组每簇单核细胞/巨噬细胞的百分比变化。d 显示代表性标记基因表达的小提琴图。e 每个巨噬细胞簇的细胞周期评分。f 抗原处理和呈递评分。g 糖酵解评分。h.不同组的抗原处理和呈递评分。i 不同组糖酵解评分

Figure4 单核细胞/巨噬细胞的RNA速度景分析。**显示巨噬细胞动态变化的速度图。b 显示M1潜在时间的密度图。c M1在潜在时间内的热图。d M1中模块1的基因本体富集分析。e M1中模块1的代表基因。f TF调控基因表达的曲线下面积（AUC）评分的热图，使用每个巨噬细胞簇中的SCENIC 估计。g.巨噬细胞簇中某些TFs，Egr1和Hmga1的小提琴图

Figure 5 中性 粒 细胞。a 中性粒细胞的UMAP图，根据其组（左图）和细胞簇（右图）进行颜色编码。b 三组中性粒细胞每簇的百分比变化。c 显示中性粒细胞标记基因的小提琴图。d 中性粒细胞的基因表达热图。e 不同组间中性粒细胞与T细胞之间的配体和受体相互作用分析。线条越粗，交互作用越强。f TFs调控基因表达的曲线下面积（AUC）评分的热图，使用SCENIC 在中性粒细胞簇中估计

Figure 6 共同的是与T细胞互作，转录因子分析，加特定的基因集评分 树突状细胞。a DC的UMAP图，根据其组（上图）和细胞簇（下图）进行颜色编码。b 每组发展中国家在三组之间的百分比变化。c DC的基因表达热图。 d 吞噬作用评分。 e 不同组的吞噬作用评分。f DC作为受体与T细胞相互作用。g DC作为配体与T细胞相互作用。h TF调控基因表达的曲线下面积（AUC）评分的热图，使用DC中的SCENIC 估计

Figure7 后面还有NK细胞，在补充图里面

就是把主要的炎症细胞分析了一下。

后面两张图是针对转录因子的治疗

1. 糖代谢基因

Suppl. Fig. 6 HIF1A was involved in regulating glycolysis of monocytes/macrophages. a. The combined expression of gene encoding glycogen utilization (Sorbs1, Gbe1, and Pygl) in monocytes/macrophages between the Allo and Iso group. b. The combined expression of gene encoding glycolytic enzyme (Pgam1, Gapdh, Aldoa, Eno1, and Pgk1) in monocytes/macrophages between the Allo and Iso group. c. The combined expression of gene encoding glycolytic promoter (Akt2, Stat3, and Bnip3) in monocytes/macrophages between the Allo and Iso group. d. Transcriptional regulation score of Hif1**α targeting glycolysis associated gene in monocytes/macrophages between the Allo and Iso group (* p<0.05, ** p< 0.01, ***,p<0.001).

2. 一些基因集