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(本文是第36篇活动文章)
6.2.2 示例2:高斯混合模型GMM
图中正确的似乎应该是
GMM就是一堆高斯模型按概率随机选择一个生成观测值。
明确隐变量和对数似然函数:
代码实现: 做2个高斯分布混合,长度为1000
import numpy as np
import random
import math
import time
def loadData(mu0, sigma0, mu1, sigma1, alpha0, alpha1):
'''
初始化数据集
这里通过服从高斯分布的随机函数来伪造数据集
:param mu0: 高斯0的均值
:param sigma0: 高斯0的方差
:param mu1: 高斯1的均值
:param sigma1: 高斯1的方差
:param alpha0: 高斯0的系数
:param alpha1: 高斯1的系数
:return: 混合了两个高斯分布的数据
'''
# 定义数据集长度为1000
length = 1000
# 初始化第一个高斯分布,生成数据,数据长度为length * alpha系数,以此来
# 满足alpha的作用
data0 = np.random.normal(mu0, sigma0, int(length * alpha0))
# 第二个高斯分布的数据
data1 = np.random.normal(mu1, sigma1, int(length * alpha1))
#(其实这里可能有bug,就是这两个加起来可能不等于length。但是1000的话没这个问题,所以无所谓)
# 初始化总数据集
# 两个高斯分布的数据混合后会放在该数据集中返回
dataSet = []
# 将第一个数据集的内容添加进去
dataSet.extend(data0)
# 添加第二个数据集的数据
dataSet.extend(data1)
# 对总的数据集进行打乱(其实不打乱也没事,只不过打乱一下直观上让人感觉已经混合了
# 读者可以将下面这句话屏蔽以后看看效果是否有差别)
#(与顺序无关嘛,无所谓的)
random.shuffle(dataSet)
#返回伪造好的数据集
return dataSet
def calcGauss(dataSetArr, mu, sigmod):
'''
根据高斯密度函数计算值
注:在公式中y是一个实数,但是在EM算法中(见算法9.2的E步),需要对每个j
都求一次yjk,在本实例中有1000个可观测数据,因此需要计算1000次。考虑到
在E步时进行1000次高斯计算,程序上比较不简洁,因此这里的y是向量,在numpy
的exp中如果exp内部值为向量,则对向量中每个值进行exp,输出仍是向量的形式。
所以使用向量的形式1次计算即可将所有计算结果得出,程序上较为简洁
:param dataSetArr: 可观测数据集
:param mu: 均值
:param sigmod: 方差
:return: 整个可观测数据集的高斯分布密度(向量形式)
'''
result = (1 / (math.sqrt(2*math.pi)*sigmod)) * np.exp(-1 * (dataSetArr-mu) * (dataSetArr-mu) / (2*sigmod**2))
# 返回结果
return result
def E_step(dataSetArr, alpha0, mu0, sigmod0, alpha1, mu1, sigmod1):
'''
EM算法中的E步
依据当前模型参数,计算分模型k对观数据y的响应度
:param dataSetArr: 可观测数据y
:param alpha0: 高斯模型0的系数
:param mu0: 高斯模型0的均值
:param sigmod0: 高斯模型0的方差
:param alpha1: 高斯模型1的系数
:param mu1: 高斯模型1的均值
:param sigmod1: 高斯模型1的方差
:return: 两个模型各自的响应度
'''
# 计算y0的响应度
# 先计算模型0的响应度的分子
gamma0 = alpha0 * calcGauss(dataSetArr, mu0, sigmod0)
# 模型1响应度的分子
gamma1 = alpha1 * calcGauss(dataSetArr, mu1, sigmod1)
# 两者相加为E步中的分布
sum = gamma0 + gamma1
# 各自相除,得到两个模型的响应度
gamma0 = gamma0 / sum
gamma1 = gamma1 / sum
# 返回两个模型响应度
return gamma0, gamma1
def M_step(muo, mu1, gamma0, gamma1, dataSetArr):
mu0_new = np.dot(gamma0, dataSetArr) / np.sum(gamma0)
mu1_new = np.dot(gamma1, dataSetArr) / np.sum(gamma1)
sigmod0_new = math.sqrt(np.dot(gamma0, (dataSetArr - muo)**2) / np.sum(gamma0))
sigmod1_new = math.sqrt(np.dot(gamma1, (dataSetArr - mu1)**2) / np.sum(gamma1))
alpha0_new = np.sum(gamma0) / len(gamma0)
alpha1_new = np.sum(gamma1) / len(gamma1)
# 将更新的值返回
return mu0_new, mu1_new, sigmod0_new, sigmod1_new, alpha0_new, alpha1_new
def EM_Train(dataSetList, iter=500):
'''
根据EM算法进行参数估计
:param dataSetList:数据集(可观测数据)
:param iter: 迭代次数
:return: 估计的参数
'''
# 将可观测数据y转换为数组形式,主要是为了方便后续运算
dataSetArr = np.array(dataSetList)
# 步骤1:对参数取初值,开始迭代
alpha0 = 0.5
mu0 = 0
sigmod0 = 1
alpha1 = 0.5
mu1 = 1
sigmod1 = 1
# 开始迭代
step = 0
while (step < iter):
# 每次进入一次迭代后迭代次数加1
step += 1
# 步骤2:E步:依据当前模型参数,计算分模型k对观测数据y的响应度
gamma0, gamma1 = E_step(dataSetArr, alpha0, mu0, sigmod0, alpha1, mu1, sigmod1)
# 步骤3:M步
mu0, mu1, sigmod0, sigmod1, alpha0, alpha1 = M_step(mu0, mu1, gamma0, gamma1, dataSetArr)
# 迭代结束后将更新后的各参数返回
return alpha0, mu0, sigmod0, alpha1, mu1, sigmod1
if __name__ == '__main__':
start = time.time()
# alpha是高斯混合模型的权重α
# mu0是均值μ
# sigmod是方差σ
# 在设置上两个alpha的和必须为1,其他没有什么具体要求,符合高斯定义就可以
alpha0 = 0.3 # 系数α
mu0 = -2 # 均值μ
sigmod0 = 0.5 # 方差σ
alpha1 = 0.7 # 系数α
mu1 = 0.5 # 均值μ
sigmod1 = 1 # 方差σ
# 初始化数据集
dataSetList = loadData(mu0, sigmod0, mu1, sigmod1, alpha0, alpha1)
print('---------------------------')
print(dataSetList[:5])
#打印设置的参数
print('---------------------------')
print('the Parameters set is:')
print('alpha0:%.1f, mu0:%.1f, sigmod0:%.1f, alpha1:%.1f, mu1:%.1f, sigmod1:%.1f' % (
alpha0, alpha1, mu0, mu1, sigmod0, sigmod1
))
# 开始EM算法,进行参数估计
alpha0, mu0, sigmod0, alpha1, mu1, sigmod1 = EM_Train(dataSetList)
# 打印参数预测结果
print('----------------------------')
print('the Parameters predict is:')
print('alpha0:%.1f, mu0:%.1f, sigmod0:%.1f, alpha1:%.1f, mu1:%.1f, sigmod1:%.1f' % (
alpha0, alpha1, mu0, mu1, sigmod0, sigmod1
))
# 打印时间
print('----------------------------')
print('time span:', time.time() - start)
运行结果:
[-2.79992449645255, -2.5326809939296915, -1.8697714052358605, 0.9248711228254336, -2.2669313768298]
---------------------------
the Parameters set is:
alpha0:0.3, mu0:0.7, sigmod0:-2.0, alpha1:0.5, mu1:0.5, sigmod1:1.0
----------------------------
the Parameters predict is:
alpha0:0.3, mu0:0.7, sigmod0:-2.0, alpha1:0.5, mu1:0.5, sigmod1:1.0
----------------------------
time span: 0.06270933151245117
6.3 EM算法的优点
用EM而不用generic optimizer是因为:
- EM为某些情况下的求解提供了更好的收敛性(这一点我还没寻摸明白)
- 同时通过 latent variable 也能更好的解释一个 model,比如常见的 mixture model 等。
- The variational EM gives us a way to bypass computing the partition function and allows us to infer the parameters of a complex model using a deterministic optimization step.