其中，DBR及其保留扇区（DOS Boot Record）含义是DOS结构引导记录，即操作系统引导记录，而在DBR之后往往有一些保留扇区存在。FAT1（File Allocation Table）含义是文件分配表，FAT16一般有两份FAT表，FAT2就是FAT16的第二份分配表，也就是FAT1的备份。FDT（File Directory Table）含义是文件目录表，一般占用大小为32个扇区。DATA数据区是FAT16文件系统存储数据的区域。
文件分配表由FAT表项构成，FAT表项简称为FAT项，FAT16的每个FAT项对应两个字节，每个FAT项都有固定的编号，编号从0开始，FAT表前两个FAT项有专门用途，0号FAT项通常用来存放分区所在介质类型，例如硬盘的介质类型为“F8”，1号FAT项则用来存储文件系统的肮脏标志（表明文件系统被非法卸载或者磁盘表面存在错误），分区的数据区中每一个簇都会映射到FAT表中的唯一一个FAT项，因为0号FAT项和1号FAT项有特殊用途，所以数据区的第一个簇也就是编号为2号簇，这也就是没有0号簇和1号簇的原因。
用户文件以簇为单位存放在数据区中，一个文件至少占用一个簇。当一个文件占用多个簇时，这些簇的簇号不一定是连续的，但这些簇号在存储该文件时就确定了顺序，即每个文件都有其特定的“簇号链”。在分区上的每一个可用的簇在FAT中有且只有一个映射FAT项，通过在对应簇号的FAT项内填入“FAT项值”来表明数据区中的该簇是已占用、空闲或是坏簇三种状态之一。
