1. 注释流程
❤明确自己研究组织可能有哪些细胞类型---文献
❤各种细胞的marker基因是什么---文献或者数据库
❤对比差异分析得到的各个cluster的显著高表达基因
❤先用数据库自动注释，对于不确定的细胞使用传统的cluster+marker gene的方式注释，但是所有的细胞群都要用marker基因验证，不建议直接选择数据库中给出的基因作为marker基因，说出来人家都不信，尽量用marker基因，实在不行去找人家高分文章中报道过的基因，引用别人文章也可以。
CellMarker：biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/…
PanglaoDB：panglaodb.se/index.html
❤实在不好注释，可以去看一下cluster的基因特征，并将高表达的基因进行富集分析，看下功能，辅助注释
❤做个下面这种表不错，后面方便做不同群的marker基因图
2. 常用细胞注释集锦--用的话去刨
# 单细胞注释-marker参考
> 髓系细胞注释
> T细胞注释（这个内容加上引文，可以说全面的变态了！）
> B细胞
> 成纤维细胞与内皮
>树突细胞
>细胞鉴定网站
3.两篇小鼠心脏单细胞文献
> 1. 小鼠心脏组织中非心肌单细胞测序
详细解读参见俺师姐的文章❤# 文献学习035--[sc]单细胞测序揭示小鼠心脏非心肌细胞之间的异质性和互作
Figure1
- Endothelial cells: Cdh5, Pecam1
- Fibroblasts: Cola1, Pdgfra, Tcf21
- Granulocytes: Ccr1, Csf3r, S100a9
- B: Ms4a1
- T: Cd3e
- NK: Klrb1c, Ncr1
- Pericytes: P2ry14, Pdgfrb
- Macrophages: Adgre1, Fcgr1
- Dendritic cell (DC)-like cells: Cd209a
- Schwann cells: Plp1, Cnp
- Smooth muscle cells: Acta2, Tagln
> 2. 小鼠心梗心脏组织免疫细胞变化
# 文献学习021--[sc]单细胞测序揭示心梗后的心脏免疫动态变化
参考这篇!!!
心脏单细胞测序综述→
