对于大多数生物软件而言，linux是最为常用的操作系统，下面是一些常用的Linux命令。
一、文件夹和文件
1. mkdir 新建文件夹/目录
# 在当前目录下创建test目录
mkdir test
# 在当前目录下一次性创建多层目录a/b/c/d
mkdir -p a/b/c/d
2. cd进入文件夹/目录
# 进入根目录下的tmp目录
cd /tmp
# 回到家目录
cd或cd ~或cd $HOME
# 进入上一级目录
cd ..
# 返回上一次离开的目录
cd -
3. ls查看文件夹/目录内容
# 以列方式列出当前目录下的文件和子目录
ls
# 意义同上，但目录会用“/”标注
ls -F
# 以行方式列出当前目录下文件的详细信息
ls -l 等价于 ll
# 意义同上，但隐藏文件也显示出来
ls -la
# 按文件大小排序显示
ls -lt
# 按文件大小排序显示
ls -lS
# 文件大小转化为易读的方式显示，如KB、MB、GB
ls -lh
# 递归显示下层目录中的内容
ls -R
4. rm删除文件夹/目录
# 删除目录test（删除文件时可以不用 -r 参数）
rm -r test
# 强制删除目录test
rm -rf test
5. touch创建文件
# 在当前目录下创建文件test.txt，如果文件已存在，则会把它的修改时间改为现在的系统时间
touch test.txt
6. cat/more查看文件内容
# 显示test.txt文件的内容
cat test.txt
# 分页显示test.txt文件的内容，按空格键向后翻页，按 b 键向前翻页，按 q 键退出
more test.txt
二、 文件操作
1. cp复制文件
# 文件复制
cp <源文件> <目的位置>
# 把整个目录/etc/profile复制到当前目录下
cp -r /etc/profile ./
2. mv移动文件
# 移动文件
mv <源文件> <目的位置>
# 把当前目录下的文件file.txt改名为file1.txt
mv file.txt file1.txt
3. ln链接文件
# 建立符号链接
ln -s <被链接文件名> <链接文件名>
# 建立硬链接
ln <被链接文件名> <链接文件名>
- 符号链接
graph LR
1(被链接文件名) --> 2(被链接文件内容)
3(链接文件名) --> 1(被链接文件名)
- 硬链接
graph LR
1(被链接文件名) --> 2(被链接文件内容)
3(链接文件名) --> 2(被链接文件内容)
三、 文件权限
文件权限一般有两种表示方式，分别是用字母表示的权限（字母权限）和用数字表示的权限（数字权限）
1. chmod修改文件/目录权限
# 修改文件或目录的权限，-R选项表示连同子目录中的所有文件，也都修改设定的权限
chmod [-R] <权限> <文件>
# 把目录abc及其子目录下的所有文件的权限改成755
chmod -R 755 ./abc
# 对file权限进行如下修改：剥夺主人执行权限、赋予组群中的成员读写权限、剥夺其他人的写权限
chmod u-x,g+rw,o-w file
2. chown修改文件的主人
# 修改文件的主人
chown [-R] <权限> <文件>
# 修改目录abc下全部文件的主人为zsan
chown -R zsan abc
3. chgrp修改文件的组群
# 修改文件的组群
chgrp [-R] <权限> <文件>
# 修改目录abc的组群为class
chgrp -R class abc
