生物信息

一起读官方文档 GATK2.1版本 篇 参考文章: GATK介绍 GATK做什么的？ 它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的

一起读官方文档 bwa 篇 参考文章： BWA介绍 将测序数据比对到参考基因组上，因为精确且高效的读取比对是许多下游分析（如变异检测、RNA-seq分析、结构变异识别等）的基础。 算法：BWA使用Bu

RNA-Seq 比对工具性能比较 参考文章： 比对 (align) 介绍 序列比对 又称为 align RNA-Seq 分析中的策略从文件类型来看如下： FASTQ文件到 SAM文件这一步就需要比对

一起学生信分析 RNA-Seq上游 篇 参考文章： RNA-Seq分析介绍 转录组是指某特定细胞类型产生的所有转录本的集合。

一起学生信分析 RNA-Seq下游 篇 DESeq2介绍 专为高通量测序数据（特别是 RNA-seq 数据）设计，用于分析计数数据的差异表达，同样功能的还有 limma 和 edgR。

一起读官方文档 STAR 篇 参考文章： STAR介绍 short read aligners（比对器）.

一起读官方文档 Trimmomatic 篇 参考文章： Trimmomatic简介 基于Java 编写，用于对高通量测序数据进行质量控制和预处理。

一起读官方文档 Fastp 篇 参考文章： fastp介绍 Fastp是一款用于高通量测序数据预处理和质量控制的开源软件。它被广泛应用于测序数据的清洗、修剪和过滤，以提高后续分析的准确性和效率。

一起读官方文档 FastQC 篇 参考官方文档：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Linux常用操作手册 特殊符号作用 2 >&1 表示把标准错误重定向到标准输出。Linux终端用2表示标准错误，1表示标准输出。 文本内容操作 sort -u : 去除重复行 awk 其处理为按行处

先去github下载需要的版本包 github地址：https://github.com/libjpeg-turbo/libjpeg-turbo/releases 这里我是CentOS7系统