旋转的马铃薯干

上一步定量，我们是对每一个样本进行的，现在需要将它合并到一个矩阵。这里通过一个脚本merge_to_matrix.pl 来合并。 脚本： 脚本用法: 输入：每个样本的定量结...

上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的比对到参考基因组部分，接下来就是基因表达定量了。计算表达定量可以用StringTie、Htseq-cout、featureCoun...

上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的数据清洗部分，接下来就是将清洗后的数据比对到参考基因组上（有参）。如果没有参考基因组，那么就需要我们自己去组装基因组了。 mapp...

今天我们来讲一讲bulk转录组测序的数据清洗部分。 RNA-Seq是技术相对更成熟，应用最广泛，最适合生物信息学入门的方向。bulk RNA-Seq是最普遍的转录组测序方法...

自从人类基因组计划完成之后，基因组学就成了我们生命科学的基础。就像我们建放房子先修地基一样，地基修好了我们才能不断的去加楼层，在人类基因计划之后又出现了计算基因组学、功能基...

发展历史 今天我们大部分人认为，现代生物信息学是最近出现的，有利于下一代测序数据分析。然而，生物信息学的起源发生在50多年前，当时台式计算机仍然是一个假设，DNA还不能测序...

1 细胞类型注释 基于“细胞句子”预测单细胞的类型标签（如“CD8+T细胞”“巨噬细胞”），验证模型对传统单细胞分析任务的适配性。 数据与划分：使用两类标注数据集——免疫组...

来自耶鲁大学、Google Research及Google DeepMind的团队，基于Cell2Sentence（C2S）框架开发出C2S-Scale模型家族，该模型训练...

许多疾病（尤其是癌症）具有高度的异质性，这是因为不同患者之间的癌症进展存在显著差异。此外，环境、生活方式等多种其他因素也可能在疾病异质性中发挥作用。因此，识别疾病的潜在亚型...

在肿瘤微环境中，癌细胞究竟如何策反免疫细胞？ 干细胞分化时，数万个基因如何上演精密"编程大戏"？ 我们测的普通转录组通常是一个组织，但一个组织有很多种不同的细胞类型。我们关...