育种数据分析之放飞自我

事情是这个样子的： 今天，我像往常一样提取基因组的样本，我有一堆样本的ID，需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言，将基因型数据读进去，将所要提取的ID文件读进去，然后，我就有很多

大家好，我是飞哥，今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。 工作了一天，开了半天的会，敲了半天的代码，典型的周一呀！ 话说前几天我的公众号关注人数超过了一万，非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的

前几天，我的公众号关注人数突破了10000，这么小众的公众号，还有这么多人信任我，值的记录一下。 公众号2016年开通，佛系更新，大都是自己的学习笔记，还有放飞自我的段子。

有时候，编写代码时，需要查看一下当前文件夹的内容，有时候需要创建文件或者文件夹，之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好，但总不够原滋原味。这里，总结一下常用的文件创建，文件夹创建，判断

笔记计划分为六篇： 第一篇：读取plink基因型数据和表型数据 第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控 第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA

昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据 这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。 1

自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。 一天，一个同事问我说ggpubr包安装不成功，我就自己试了一下，真的是……安装不成功。 当你到

今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。 笔记计划分为四篇： 第一篇：读取plink基因型数据和表型数据 第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控 第三篇：基因型数据可

1. 电子书领取 前几天发了一篇GWAS电子书分享，异常火爆，阅读量8000+，很多人评价比较基础。这本电子书主要特点是比较基础，GLM模型用软件和R语言进行比较，如何添加数字协变量、因子协变量、PC