生信探索

分子对接是药物发现和蛋白研究中的核心步骤，但传统流程中，从分子下载、软件配置到结果分析，往往需要繁琐的操作和大量参数调试，让新手望而却步。 今天就给大家分享一套极简方案——...

最近在做分子对接和分子模拟，涉及到了一些盲区，必去pdb文件是按照列位数储存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出现一些错误，比如信息错位，因此有必要了...

MOFSR包：https://github.com/Zaoqu-Liu/MOFS 胶质瘤是成人最常见的恶性脑肿瘤，其中IDH野生型胶质母细胞瘤（GBM）恶性程度最高，5年生...

胰腺癌（PDAC）因早期难发现、预后极差被称为“癌王”，多数患者确诊时已处于晚期，错失手术机会。近期，《Nature Medicine》发表的一项研究显示，中国团队研发的A...

2024年一项发表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》的多中心研究显示，通过术前平扫+增强CT构建的深度学习模型（LUNAI-fCT...

研究概述 本文发表于《NPJ Precis Oncol》2024年，由中国医科大学等机构团队开展，旨在构建并验证一个多模态预测模型，以更精准预测胃肠道间质瘤（GIST）患者...

什么是Monocle3？ 不过怎么样Monocle3 还是最常用的单细胞轨迹分析工具之一，它能够通过算法学习细胞在动态生物学过程中基因表达变化的序列，从而构建出细胞状态转变...

在单细胞RNA测序分析中，可视化是揭示数据背后生物学模式的关键步骤。Seurat作为单细胞分析的主流工具，虽然功能强大，但在可视化方面仍有提升空间。今天就为大家介绍Seur...

在单细胞转录组研究中，参考基因组的质量直接决定了基因定量的准确性。对于研究 Epstein-Barr 病毒（EBV）相关疾病（如 Burkitt 淋巴瘤、鼻咽癌等）的科研人...

双y轴图的目的，是想要在同一坐标系中画两组数据，但是他们值范围差很多，比如一组数据是1-10，另一组是10-100，那么可以对第一组数据做数据变化，比如第一组数据乘以 10...

<生信交流与合作请关注公众~号@生信探索> 代码地址 GATK best practices workflow Pipeline summary SnakeMake wor...

<生信交流与合作请关注公众~号@生信探索> 查看与切换目录 路径处理 路径拼接 绝对路径 求一个文件的绝对路径, 当前文件夹下有一个名为pkg.csv的文件 basenam...

写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好...

学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于...

实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。 从网上找随便了个数据做演示用 读...

从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA） 而且drop_duplicates不能去除重复，因为他们...