最原始的问题是：A 依赖 B v1.0，C 依赖 B v2.0，那这时候 B 就会有冲突。

npm v2

npm v2 采用了嵌套的方式来解决冲突，如下图。它带来的新问题就是：B 存了多份浪费空间。

npm v3

npm v3 采用了扁平化的风格 (flat mode)，尽可能将相同的模块提取到根目录，如下图。

flat mode 也不是完美的，还存在两个问题：

1. 还是会有冗余空间，把 B v1.0 提到根目录，B v2.0 还是要嵌套存储，反之亦然
2. 影子依赖 (Phantom dependency） 问题

影子依赖问题

关于影子依赖问题，我们看下面一段代码：package.json 里面并没有声明 glob 依赖，但代码中却可以正常使用。实际上 glob 是 rimraf 的依赖，glob 是被 flat mode 的机制提升到根目录的。

my-library/package.json

{
  "name": "my-library",
  "version": "1.0.0",
  "main": "lib/index.js",
  "dependencies": {
    "minimatch": "^3.0.4"
  },
  "devDependencies": {
    "rimraf": "^2.6.2"
  }
}

my-library/lib/index.js

var minimatch = require("minimatch")
var expand = require("brace-expansion");  // ???
var glob = require("glob")  // ???

除了会导致难以维护以外，还可能会导致其它问题。例如本地开发的时候会去安装 devDependencies，但在发布的时候不会安装 devDependencies，这样的话发布的时候就不存在 glob 导致无法正常工作。

pnpm：完美的解决方案

pnmp 目录结构上采用嵌套的方式避免了影子依赖问题，采用软链接的方式解决了模块复用的问题。